Ханаев И. В. осуществляет руководство группой водолазных исследований и подводного мониторинга в лаборатории ихтиологии Лимнологического института СО РАН. Проводит в качестве руководителя и ответственного исполнителя самостоятельные научные исследования и разработки по наиболее сложным и ответственным темам, является руководителем раздела «Подводное картирование губочных сообществ мелководной зоны озера Байкал с целью оценки изменений численности и состояния здоровья губок в условиях экологического стресса». Ведет активную исследовательскую деятельность, является организатором и ответственным исполнителем по многим хоздоговорам, выполняемым Институтом. Занимается разработкой программ НИР, планированием и организацией научно-исследовательских работ, а также разработкой методик проведения исследований в полевых условиях. Принимает участие в подготовке и повышении квалификации сотрудников. В качестве начальника отряда имеет огромный опыт работы в организации, проведении и руководстве экспедиционными работами, как на озере Байкал, так и за его пределами. Область научных интересов: – рогатковидные рыбы (Cottoidei), их этология и биология; – сообщества губок в мелководной зоне озера Байкал, проблемы их массового заболевания; – эвтрофикация мелководной зоны озера Байкал и его влияние на различные формы организмов.