Bifidobacterium breve is among the first microorganisms colonizing the intestinal tract in humans and is a predominant species in the gut microbiota of newborns and children. This bacterium is widely used in the probiotic industry due to its capacity to improve host health. The search for new targets with probiotic properties is an increasing trend with the help of next-generation sequencing as they facilitate the characterization of the bacterial features. B. breve 110^1A was isolated from the faeces of healthy children in Brazil and therefore could play a protective role in the gut. To investigate the beneficial properties of this strain, the present study performed a comprehensive characterization of the genetic features involved in the bacterium resistance and adaptation to gastrointestinal conditions, production of nutrients, and immunomodulatory compounds. Furthermore, this study carried out the prediction of genomic elements (plasmids, prophages, CRISPR-Cas systems, insertion sequences, genomic islands, antibiotic resistance genes) to evaluate the safety of B. breve 110^1A. A comparative genomics approach using 45 B. breve complete genomes based on pangenome and phylogenomic analysis was also performed to identify specific genes in B. breve 110^1A. The prediction of genetic elements, possibly safety-related, did not detect plasmids, but only one incomplete prophage, two non-functional CRISPR systems, and seven genomic islands. Additionally, three antibiotic resistance genes were identified: ileS (resistance to mupirocin), rpoB, and erm(X). In the comparative genomic analysis, the pangenome was revealed to be open, and B. breve 110^1A presented 63 unique genes associated with several processes, such as transmembrane transport, membrane components, DNA processes, and carbohydrate metabolism. In conclusion, B. breve 110^1A is potentially safe and well-adapted for intestinal disorder therapeutics, although the role of its unique genetic repertoire needs further investigation.

The bacterial strain PO100/5 was isolated from a skin abscess taken from a pig (Sus scrofa domesticus) in the Alentejo region of southern Portugal. It was identified as Corynebacterium pseudotuberculosis using biochemical tests, multiplex PCR and Pulsed Field Gel Electrophoresis. After genome sequencing and rpoB phylogeny, the strain was classified as C. ulcerans. To better understand the taxonomy of this strain and improve identification methods, we compared strain PO100/5 to other publicly available genomes from C. diphtheriae group. Taxonomic analysis reclassified it and three others strains as the recently described C. silvaticum, which have been isolated from wild boar and roe deer in Germany and Austria. The results showed that PO100/5 is the first sequenced genome of a C. silvaticum strain from livestock and a different geographical region, has the unique sequence type ST709, and could be could produce the diphtheriae toxin, along with strain 05–13. Genomic analysis of PO100/5 showed four prophages, and eight conserved genomic islands in comparison to C. ulcerans. Pangenome analysis of 38 C. silvaticum and 76 C. ulcerans genomes suggested that C. silvaticum is a genetically homogeneous species, with 73.6% of its genes conserved and a pangenome near to be closed (α > 0.952). There are 172 genes that are unique to C. silvaticum in comparison to C. ulcerans. Most of these conserved genes are related to nutrient uptake and metabolism, prophages or immunity against them, and could be genetic markers for species identification. Strains PO100/5 (livestock) and KL0182^T (wild boar) were predicted to be potential human pathogens. This information may be useful for identification and surveillance of this pathogen.

Seja bem-vindo ao mundo do desenvolvimento de Websites usando WordPress. WordPress é um dos sistemas de gerenciamento de conteúdo mais populares, estando presente em 1 a cada 3 sites disponíveis na Internet. No mundo de hoje, possuir uma página na internet é fundamental para empresas e até mesmo para construir seu portfólio pessoal. Entretanto, muitas pessoas se sentem inibidas a aprender a desenvolver sites devido a necessidade de se conhecer linguagens de programação Web. WordPress permite que qualquer pessoa construa seu próprio Website sem a necessidade de saber a programar. WordPress fornece métodos simplificados de se criar páginas completas com gerenciamento feito por meio de um painel de controle. Neste livro, você aprenderá os fundamentos básicos do uso do WordPress, partindo da instalação até a configuração de um site. Bons estudos!

Bem-vindo ao mundo da programação com Python! Este livro foi cuidadosamente projetado para fornecer uma introdução abrangente e prática ao Python. Ele foi baseado no conteúdo do LBS Tech, um conjunto de palestras e aulas voltadas para o ensino das tecnologias utilizadas pelo grupo de pesquisa do Laboratório de Bioinformática e Sistemas da UFMG (Universidade Federal de Minas Gerais). Cada módulo terá, junto a ele, o link do vídeo da aula correspondente, e o seu uso junto ao livro permitirá um aprendizado mais completo. Ao longo deste livro, você irá aprender os fundamentos da programação em Python, incluindo a criação e manipulação de variáveis, estruturas condicionais e de repetição, funções e trabalhar com arquivos. Além disso, você irá explorar diversas opções de bibliotecas disponíveis e como utilizá-las. Python é uma das linguagens de programação mais populares e utilizadas atualmente, e pode ser aplicada desde a criação de jogos simples até o processamento de grandes conjuntos de dados. Por exemplo, a ciência de dados é um campo que tem crescido rapidamente nos últimos anos, e o Python é frequentemente a linguagem de escolha para análise e visualização de dados. Ao concluir este livro, você terá aprendido o básico e intermediário da linguagem, desenvolvendo habilidades necessárias para pensar em soluções para diversos problemas usando o Python. Esperamos que esteja animado para começar sua jornada de aprendizado e que você aproveite os estudos e possa aplicar seus novos conhecimentos em projetos incríveis. Bons estudos!