La prise de conscience concernant la gestion durable des eaux souterraines gagne du terrain. Elle implique une compréhension adéquate de la complexité des processus naturels et anthropiques et de la manière dont ils affectent la qualité et la disponibilité des eaux souterraines. Ce projet de recherche visait à étudier les différents impacts qualitatifs sur les eaux souterraines et à fournir des méthodologies d'évaluation qui peuvent être employées pour assurer une utilisation quantitative durable des eaux souterraines. Le site d'étude, au nord-est de la Suisse, comprend des systèmes d'eaux souterraines situés à la fois dans des régions d’altidude et dans des plaines alluviales. Le bassin versant de la rivière Thur est une zone à la fois bien étudiée et d'une taille suffisamment grande (~1700 km2) pour être considérée comme un bassin versant à méso-échelle. Les objectifs spécifiques de ce projet de recherche comprenaient 1) la détermination des principaux contrôles de la contamination des eaux souterraines, 2) l'évaluation de la variabilité spatio-temporelle de la recharge des eaux souterraines, d'une manière applicable à d'autres bassins versants, et 3) la surveillance des eaux souterraines d'une manière adaptative et basée sur les événements. Ces objectifs de recherche ont été abordés en examinant d'abord les menaces qualitatives passées et présentes pour les eaux souterraines, es processus anthropogéniques et la façon dont ces derniers affectent la qualité des eaux souterraines à l'échelle mondiale. Ensuite, la recharge spatio-temporelle des eaux souterraines dans le bassin versant de la Thur a été estimée sur la base de données et de logiciels libres. Enfin, la variabilité des contributions des sources d'eau aux aquifères situés dans le bassin versant de la Thur a été déterminée en utilisant des données de traceurs conservateurs provenant de sites échantillonnés dans tout le bassin versant. La structure de cette thèse s'étend sur trois échelles différentes, allant de l'échelle globale, à la méso-échelle, et à l'échantillonnage localisé, et couvre ensuite différents niveaux de disponibilité des données. Afin d'illustrer les nombreuses menaces qualitatives qui pèsent sur les ressources en eau souterraine, certains des principaux contaminants issus des activités anthropiques, à savoir agricoles, urbaines et industrielles, ont été présentés sous la forme d'une revue de littérature. En outre, une sélection d'études de cas décrivant les préoccupations continues au sujet des contaminants établis, ainsi que des contaminants nouveaux et émergents, a été présentée. Alors que la demande en eaux souterraines continue d'augmenter, il est impératif de considérer non seulement leur qualité, mais aussi la gestion durable de leur quantité. Pour cela, il est crucial de connaître la recharge spatio-temporelle des eaux souterraines d'un bassin versant et les sources d'eau dominantes qui contrôlent la dynamique des eaux de surface et des eaux souterraines. Dans de nombreuses régions, la recharge des eaux souterraines reste difficile à quantifier, que ce soit en raison de la complexité des processus hydrogéologiques ou de données d'observation limitées. Composantes maillées à partir de données de télédétection et de données au sol facilement disponibles, y compris les précipitations, l'évapotranspiration réelle et les données de décharge hydrologique (séparées en débit rapide et débit de base), ont été utilisés pour générer des cartes spatio-temporelles de recharge des eaux souterraines sur une période de 20 ans (2000 - 2019). Les résultats de la grille d'estimation de la recharge sont en accord avec les estimations d'autres études, et dans l'ensemble, la recharge représente 29% des précipitations totales dans le bassin versant de la Thur. Les résultats ont mis en évidence l'importance des précipitations pour la recharge des eaux souterraines, les périodes prolongées de sécheresse ayant un effet négatif, tandis que les périodes de précipitations supérieures à la moyenne ont un effet tampon sur les ressources. L'eau des rivières représente une connexion entre l'environnement de surface et de subsurface. Entre 2017 et 2020, l'eau de la rivière Thur a été collectée lors d'événements extrêmes (haut et bas débit), et analysée pour son contenu en traceurs conservateurs (δ18O et δ2H). Ces eaux de surface échantillonnées lors d'événements ont été analysées conjointement avec des échantillons d'eaux souterraines et d'eaux de pluie pour caractériser la dynamique spatio-temporelle de l'eau dans le bassin versant de la Thur. En utilisant une analyse de « clustering » et une EMMA (« End-Member Mixing Analysis »), la variabilité spatio-temporelle des différentes sources d'eau contribuant aux aquifères du bassin versant de la Thur a été identifiée. La variabilité des sources d'eau des aquifères s’est avérée dépendre à la fois de l’altitude et de la géologie, avec différentes sources d'eau dominant différentes régions du bassin versant de la Thur. Un type d'eau de surface s'est...

Awareness concerning sustainable groundwater management is gaining traction and calls for adequate understanding of the complexities of natural and anthropogenic processes and how they affect groundwater quality and availability. This research project aimed to investigate different qualitative impacts on groundwater, and provide assessment methodologies that can be employed to ensure sustainable quantitative groundwater use. The study site, situated in north-eastern Switzerland, included groundwater systems located in minor and major alluvial deposits associated both with high elevation and plains regions. The Thur River catchment presents a study area that is both well investigated and of a large enough size (~1700 km2) to be considered a mesoscale catchment. Specific objectives of this research project included 1) the determination of the major controls on groundwater contamination, 2) the assessment of the spatiotemporal variability of groundwater recharge, in a manner applicable to other catchments, and 3) the monitoring of groundwater in an adaptive and event-based manner. These research objectives were addressed by first reviewing historic and current qualitative threats to groundwater concerning anthropogenic processes and how they affect groundwater quality globally. Secondly, the spatiotemporal groundwater recharge in the mesoscaled Thur catchment was estimated, based on open-source data and software. Finally, variabilities of source water contributions to aquifers located in the Thur catchment were determined using environmental tracer data from sampled sites. The structure of this dissertation spans three different scales ranging from global, to mesoscale, and to localized sampling, and covers subsequent different levels of data availability. In order to illustrate the many qualitative threats to groundwater resources, some of the key contaminants originating from anthropogenic activities, namely agricultural, urban, and industrial, were presented in the form of a review. Furthermore, a selection of case studies describing the continued concerns of both established, as well as new and emerging contaminants were presented. As demands on groundwater continue to increase, in addition to groundwater quality, it is also imperative to consider the sustainable management of groundwater quantity. For this, knowledge concerning a catchment’s spatiotemporal groundwater recharge, and the dominant water sources controlling surface-groundwater dynamics, is vital. In many regions however, groundwater recharge remains challenging to quantify, whether due to hydrogeological process complexities or limited observation data. Gridded components from readily available remotely sensed and ground-based data, including precipitation, actual evapotranspiration, and hydrological discharge data (separated into quick- and baseflow), were used to generate spatiotemporal groundwater recharge maps over a 20-year period (2000 - 2019) using open source software. Results from the gridded groundwater recharge estimates agreed well with estimates from other studies, and overall, recharge was shown to account for 29% of total precipitation in the Thur catchment. Results highlighted the importance of precipitation to groundwater recharge, with prolonged periods of drought having a negative effect on groundwater recharge, while periods of above average rainfall had a buffering effect on the Thur catchment’s groundwater resources. River water represents a connection between the surface and sub-surface environment. Between 2017 and 2020, Thur River water was collected during extreme events (high- and low flow), and analysed for its conservative tracer (δ18O and δ2H) content. These event-sampled surface waters were analysed in conjunction with groundwater and rainwater samples to characterize the spatiotemporal water dynamics in the Thur catchment. Using a cluster and three end-member mixing analysis, the spatiotemporal variability of different source water components contributing to the Thur catchment’s aquifers were identified. Source water variabilities of aquifers were found to be dependent on both elevation and geology, with different water sources dominating different regions of the Thur catchment. A surface water-type was found to be a dominant source in the high elevation regions, while a groundwater-type dominated the middle elevation regions, and a rainwater-groundwater mix the low elevation regions. A clear shift towards groundwater signatures during dry event conditions was observed in the event-sampled river water, with groundwater making up an overall average of 30% of the surface water sampled in the Thur catchment. This research project highlighted key contaminants that originate from anthropogenic activities, as well as the complexities involved in understanding the underlying physical processes and factors governing groundwater quality, including climate, geological settings, topography, and land use. Pertinent case studies emphasized persistent uncertainties concerning contaminant degradation processes, contaminant pathways, and subsequent contamination risks to groundwater quality. Where groundwater quantity is concerned, this study demonstrated the value of remotely sensed data in estimating the spatiotemporal recharge of a mesoscale catchment, in particular where observation data is limited, but also emphasised the importance of continued ground-based monitoring networks. Finally, investigations demonstrated the variability of river and groundwater source components in the Thur catchment, where event-based samples provided a relatively inexpensive insight into the surface-groundwater characteristics of a mesoscale catchment.