To estimate the prevalence of IgG antibodies against six arboviruses in people living with HIV-1 (PLWHIV) in Madagascar, we tested samples collected between January 2018 and June 2021. We used a Luminex-based serological assay to detect IgG antibodies against antigens from Dengue virus serotypes 1–4 (DENV1–4), Zika virus (ZIKV), West Nile virus (WNV), Usutu virus (USUV), Chikungunya virus (CHIKV), and O’nyong nyong virus (ONNV). Of the 1036 samples tested, IgG antibody prevalence was highest for ONNV (28.4%), CHIKV (26.7%), WNV-NS1 (27.1%), DENV1 (12.4%), USUV (9.9%), and DENV3 (8.9%). ZIKV (4.9%), DENV2 (4.6%), WNV-D3 (5.1%), and DENV4 (1.4%) were lower. These rates varied by province of origin, with the highest rates observed in Toamasina, on the eastern coast (50.5% and 56.8%, for CHIKV and ONNV, respectively). The seroprevalence increased with age for DENV1 and 3 (p = 0.006 and 0.038, respectively) and WNV DIII (p = 0.041). The prevalence of IgG antibodies against any given arborvirus varied over the year and significantly correlated with rainfalls in the different areas (r = 0.61, p = 0.036). Finally, we found a significant correlation between the seroprevalence of antibodies against CHIKV and ONNV and the HIV-1 RNA plasma viral load. Thus, PLWHIV in Madagascar are highly exposed to various arboviruses. Further studies are needed to explain some of our findings.

Infection à VIH/SIDA à Madagascar : diversité génétique, résistances aux antirétroviraux et co-infections virales.: En 2023, l’ONUSIDA estimait à 76 000 le nombre de personnes vivant avec le VIH (PVVIH) à Madagascar. Parmi celles-ci, 100% (17 000/17 000) des PVVIH identifiées sont sous traitement antirétroviral (ARV). Parmi les personnes sous traitement, 50% ont eu accès à au moins une mesure de la charge virale ARN VIH, avec 74% d’entre elles présentant un succès virologique. Sur la diversité génétique et la résistance aux médicaments, les données sur le VIH/SIDA à Madagascar sont limitées et anciennes. Cette thèse vise à mieux caractériser l’infection à VIH/SIDA à Madagascar avec les objectifs spécifiques suivants : (i) analyser la diversité génétique des souches de VIH-1 ainsi que les résistances transmises aux ARV chez les PVVIH naïves de traitements, et (ii) étudier les co-infections virales, notamment VIH- coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) et VIH-arbovirus. Une analyse de la diversité génétique du VIH et de la résistance transmise du VIH aux ARV a été réalisée sur 239 souches de VIH-1 issues de PVVIH naïves de traitement, collectées entre janvier 2019 et novembre 2023. Le gène pol, incluant les gènes de la protéase, de la reverse transcriptase et de l’intégrase du VIH-1, a été amplifié par PCR selon le protocole ANRS et séquencé à l’aide de la technique de séquençage de nouvelle génération sur la plateforme Illumina (MiSeq). Les sous-types du VIH-1 ont été identifiés par phylogénie par Maximum de vraisemblance et des analyses de recombinaison ont été effectuées pour déterminer la structure des souches séquencées. L’analyse des résistances a été réalisée avec l’algorithme Stanford (version 9.5.1). Afin de déterminer le niveau d’exposition des PVVIH malgaches au SRAS-CoV-2, nous avons effectué une analyse sérologique rétrospective sur 2888 échantillons de plasma de PVVIH malgaches, collectés entre juin 2019 et avril 2022, à l’aide du test de diagnostic rapide COVID-PRESTO®. Enfin, nous avons également réalisé une étude sérologique rétrospective sur six arbovirus d’importance en santé publique, incluant les virus de la dengue (sérotypes 1 - 4), Zika, West Nile, Usutu, Chikungunya et O’nyong-nyong sur 1 036 échantillons de plasma collectés entre janvier 2018 et janvier 2021 en utilisant la technologie Luminex. Les résultats montrent une grande diversité génétique du VIH-1 groupe M à Madagascar, avec une prédominance des sous-types C, A1, B et CRF02_AG. Nous avons également noté une proportion élevée des formes recombinantes uniques (URF). La prévalence de mutations de résistance transmise du VIH-1 chez les PVVIH adultes naïves de traitement est faible (<5%), mais préoccupante chez les enfants de moins de 15 ans (14%), probablement liée à la transmission mère-enfant. De plus, nos résultats montrent une circulation en augmentation en fonction des différentes vagues de covid-19, allant de 21% à 60%. Nous avons également montré une co-circulation d’arbovirus chez les PVVIH malgaches, avec des prévalences les plus élevées pour les virus O’nyong-nyong (28%), Chikungunya (26%) et West Nile (27%), variant selon la province et les saisons. Ces résultats mettent en lumière un faible taux de résistance primaire du VIH aux antirétroviraux, et une grande diversité génétique des souches circulantes de VIH-1, un taux d’exposition significative du SRAS-CoV-2 et des arbovirus chez les PVVIH malgaches. Ces données sont essentielles pour améliorer la prise en charge virologique et médicale des PVVIH et orienter les politiques de lutte contre le VIH/SIDA à Madagascar.