La metagenómica utiliza técnicas de biología molecular para analizar la diversidad de los genomas microbianos (metagenomas). La diversidad de los metagenomas se ha analizado mediante marcadores moleculares para clasificar bacterias y arqueas en grupos taxonómicos a nivel de género. Entre los marcadores moleculares más utilizados se encuentran los genes ribosomales, genes que codifican subunidades del citocromo C y algunos genes constitutivos (gyrB, rpoB, rpoD, recA, atpD, infB, groEL, pmoA, sodA). El marcador más utilizado es el gen 16S rRNA para clasificar bacterias y arqueas de muestras metagenómicas, aunque no permite clasificar de forma adecuada algunas secuencias. Sin embargo, con la secuenciación del gen completo 16S rRNA se identifican todas las secuencias de las regiones hipervariables, por lo que se ha logrado clasificar hasta nivel taxonómico de especie con este marcador molecular. La secuenciación de próxima generación, también llamada secuenciación masiva o de alto rendimiento ha ayudado a describir metagenomas complejos como los de muestras ambientales, con importancia ecológica, así como metagenomas que crecen en ambientes extremos. También han ayudado a estudios relacionados con sanidad animal y en humanos, y en el ámbito agroalimentario. Específicamente, tanto el uso del marcador molecular 16S rRNA como la secuenciación de alta eficiencia combinadas con el uso de las herramientas bioinformáticas para el análisis metagenómico se han usado para describir el metagenoma ruminal, una comunidad microbiana de gran importancia debido a que está involucrada en la producción animal de carne y leche. A pesar de los muchos estudios que se han realizado en este campo, aún faltan microorganismos por descubrir y caracterizar.

Global warming has become a significant public health concern, with intensive livestock farming as a major contributor. To mitigate greenhouse gas emissions, strategies such as manipulating the ruminal environment with dietary additives are essential. This study evaluated Moringa oleifera, a globally widespread tree with antioxidant, multivitamin, protein-rich, and anti-inflammatory properties, as a feed additive. Rumen fluid was collected from three Pelibuey sheep, homogenized, and subjected to an in vitro fermentation study for 48 h with three alfalfa/moringa ratio treatments: T0 Control (100:0), T1 Low (85:15), and T2 High (70:30). Total RNA was extracted, followed by high-definition sequencing of the metatranscriptome. The sequencing yielded approximately 456 million sequences. A total of 117 phyla were identified and approximately 1300 genera were mapped. Predominant phylum differed by treatment: T0, Firmicutes; T1, Proteobacteria; and T2 with Synergistetes, at least one sample per treatment. Archaea were nearly absent in T1, which explains a statistically significant decrease in methane production. In the Gene Set Enrichment Analysis (GSEA), it was observed that one of the metabolic pathways with a statistically significant difference (p-value < 0.05) was that of methane, specifically in the low moringa treatment (T1) compared to the control (T0). From the functional analysis, differentially expressed enzymes were identified, some of which are involved in the methane metabolic pathway, such as formate dehydrogenase (EC 1.17.1.9) and glycine hydroxymethyltransferase (EC 2.1.2.1), which are intermediates in methane formation. These results suggest that 15% Moringa oleifera supplementation alters ruminal microbiota, reduces archaeal activity, and suppresses methane-related pathways. These findings provide molecular evidence supporting the potential of M. oleifera as a methane mitigation strategy in ruminant nutrition.

El ambiente ruminal se ha manipulado biotecnológicamente para mejorar la productividad animal y recientemente se buscan alternativas naturales, saludables y ecológicas para este fin. Se ha probado Moringa oleifera como alimento para el ganado porque sus hojas son ricas en minerales, proteína y metabolitos secundarios. El objetivo fue evaluar los cambios en la actividad ruminal por la presencia de M. oleifera. Se probaron tres tratamientos; TT (testigo 100% alfalfa), MB (15% Moringa-85% alfalfa) y MA (30% Moringa-70% alfalfa). El experimento se realizó in vitro con líquido ruminal ovino. Para pH y nitrógeno amoniacal (N-NH3) no se observaron diferencias (P>0.05). La digestibilidad de la materia seca fue diferente (P<0.05) entre tratamientos. La producción de gas mostró diferencias (P<0.05) entre tratamientos. Para la concentración de ácidos grasos volátiles (AGV) se observaron diferencias (P<0.05). El CO2 y CH4 fueron diferentes entre tratamientos (P<0.05), siendo MB el menor para ambas variables. Se concluye que adicionar moringa a una ración de alfalfa no tiene efecto sobre el pH y N-NH3, sin embargo, aumenta la digestibilidad de la materia seca, pero disminuye la concentración de AGV y la digestibilidad de fibras. Además, incluir 15 % de moringa a una ración de alfalfa puede reducir la producción de gases de efecto invernadero. Se recomienda seguir evaluando esta alternativa para la alimentación animal.

In ruminants, the nutritional value of the diet and its degradation process in the rumen have a significant impact on productive performance (Pitta et al. 2016). Nutrient supply occurs through the ...