Phenotypic and genotypic variations within the genus Sambucus are limited. They could be efficiently increased by genetic recombination involving different species. The aim of the presented investigation was to assess the possibility of using molecular approach (i.e., microsattelites) in determination of unknown hybrid structures. The study involved 47 Sambucus genotypes (parental species and intespecific hybrids), and six microsatellite loci were analysed. The clustering method grouped the analysed genotypes into four main groups. The first main group involved two sub-groups: one with taxons and hybrids involving S. racemosa (in broad sense) and the other involving two botanical varieties of S. nigra. In the second main group, there was a sub-group involving hybrids between S. javanica and S. nigra, and a sub-group involving F1 hybrids between S. javanica and S. ebulus. The third main group contained a sub-group with hybrids between S. javanica and S. nigra ‘Black Beauty’, a sub-group with hybrids involving S. javanica, S. nigra and S. racemosa (miquelii), a sub-group with backcrosses S. javanica × (S. javanica × S. ebulus), and un unknown hybrid. The fourth main group included a subgroup with F1 hybrids S. javanica × S. ebulus, a sub-group involving various taxons of S. racemosa (in broad sense), and a sub-group involving hybrids between S. cerulea and S. javanica, with and without S. nigra. Our study shows that molecular analysis can be helpful in determining some of the unknown but simple interspecific hybrids of Sambucus. In the cases of complex hybrid combinations, the use of SSRs is most probably not the best solution. Določitev strukture medvrstnih križancev iz rodu Sambucus z uporabo molekulskih markerjev. Fenotipska in genotipska raznolikost znotraj rodu Sambucus je sorazmerno zelo omejena. To raznolikost lahko učinkovito povečamo z medvrstnimi križanji. Namen raziskave je bil uporabiti molekulske markerje (mikrosatelite) za določanje strukture vzorčenih medvrstnih križancev bezga oz. določiti, katere vrste bezga so bile uporabljene pri oblikovanju posameznih medvrstnih križancev. V raziskavo je bilo vključenih 47 genotipov rodu Sambucus (starševske vrste in/ali medvrstni križanci) in uporabljeno je bilo šest mikrosatelitskih lokusov. Metoda združevanja je analizirane genotipe razvrstila v štiri glavne skupine. Prva glavna skupina je vključevala dve podskupini: eno s taksoni in križanci, ki vključujejo S. racemosa (v širšem smislu), druga pa je vključevala dve sorti S. nigra. V drugi glavni skupini je bila podskupina, v kateri so bili križanci med S. javanica in S. nigra, in podskupina, ki jevključevala F1 križance med S. javanica in S. ebulus. Tretja glavna skupina je obsegala podskupino s križanci med S. javanica in S. nigra 'Black Beauty', podskupino s križanci, ki vključujejo S. javanica, S. nigra in S. racemosa (miquelii), podskupino s povratnim križanjem S. javanica × (S. javanica × S. ebulus) in en nedoločljivi medvrstni križanec. Četrta glavna skupina je vključevala podskupino z F1 križanci S. javanica × S. ebulus, podskupino, ki vključuje različne taksone S. racemosa (v širšem smislu), in podskupino, ki vključuje križance med S. cerulea in S. javanica, z in brez S. nigra. Naša raziskava kaže, da je molekulska analiza lahko zelo koristna za določanje nekaterih neznanih, a strukturno enostavnih medvrstnih križancev iz rodu Sambucus. V primeru bolj zapletenih kombinacij medvrstnih križanj pa uporaba mikrosatelitov verjetno ni najboljša rešitev.