Infectious Bronchitis Virus (IBV) is a major threat to the poultry industry worldwide, causing significant economic losses. While the virus’s genetic structure is well understood, the specific strains circulating in Bolivia have remained uncharacterized until now. This study aimed to identify and characterize new IBV strains in Bolivia. Tissue samples from broilers exhibiting clinical signs of Infectious Bronchitis were screened to detect IBV using real-time RT-PCR (RT-qPCR). Positive samples with low cycle threshold (Ct) values were selected for sequencing the full S1 gene. Of the 12 samples analyzed, 10 were determined to be positive for IBV. However, only four samples yielded sufficient genetic material for sequencing and subsequent phylogenetic analysis. The results revealed the presence of GI-1 and GI-23 lineages, both belonging to genotype I (GI). The GI-1 lineage showed >99% sequence identity to the H120 and Massachusetts vaccine strains, suggesting a close relationship. In contrast, the GI-23 lineage clustered with other IBV strains, showing a distinct subclade that is genetically distant from Brazilian strains. No evidence of recombination was found. Furthermore, amino acid substitution analysis identified specific mutations in the S1 subunit, particularly in the hypervariable regions 1, 2, and 3. These mutations could potentially alter the virus’s antigenicity, leading to reduced vaccine efficacy. The findings of this study highlight the importance of continued and broad genomic surveillance of circulating IBV strains and the need to improve vaccination strategies in Bolivia.

En la COVID-19, la inmunidad es fundamental. Poco se sabe de los mecanismos del factor de necrosis tumoral (TNF-α) y su capacidad de estimular la producción de anticuerpos anti-SARS-CoV-2. Asimismo, sobre la respuesta y agotamiento celular de los linfocitos T (LT). Objetivo: Evaluar el comportamiento, antes y después de la tercera dosis de vacunación, de los niveles de IgG (anti-spike), TNF-α y poblaciones linfocitarias incluyendo su agotamiento celular. Material y métodos: Se utilizó suero y células mononucleares de sangre periférica de sujetos con infección (G1, n=07) y asintomáticos (G2, n= 08 y G3, n=10) vacunados con la tercera dosis de la vacuna BNT162b2 (G1 y G2) o de ChAdOx1-S (G3). Se usó ELISA para determinar los niveles de IgG y TNF-α y citometría de flujo para determinar los niveles y el agotamiento celular de LT. Resultados: La IgG (anti-spike) antes y después de la tercera dosis no cambió. Se observó en G1 un aumento significativo de TNF-α después de recibir la tercera dosis. Los linfocitos totales (T, B y NK) mostraron una disminución significativa en G2 y, aunque los LT(CD3+) no variaron, en G3 sí hubo una disminución de LTCD4+ con aumento de PD-1+ y un aumento de LTCD8+ y PD-1+ antes y después de la tercera dosis, respectivamente. Se encontró una correlación positiva después de la tercera dosis en G3 entre IgG y CD4+PD-1+(p=0,034) y CD8+PD-1+(p=0,028), respectivamente. Conclusión: La respuesta humoral (IgG) e inflamatoria (TNF-α) no se modificó significativamente; la vacunación heteróloga (G3) incrementó los niveles de LT CD4+, una subpoblación que sostiene la inmunidad adaptativa antiviral. Adicionalmente, evito el agotamiento celular de LT.