Kubra Yildirim

Dr. Kubra Yildirim

orcid

Research Focus & Metrics

Academic Career Length

4Years (2023-Present)

(Calculated once Scilit publication data is synced: current year − year of first publication + 1)

Representative Publications

View All Publications
15 June 2023 in Microbiology Spectrum
Verified
Journal Article
Open access
KYKubra Yildirim
Kubra Yildirim
CACemilenur Atas
Cemilenur Atas
ESEce Simsek
Ece Simsek
ACAhmet Yilmaz Coban
Ahmet Yilmaz Coban
During DST application, it can be challenging to evenly homogenize TB cell clumps with lipid-rich cell walls. These experiments must be carried out under Biosafety Level-3 (BSL-3) laboratory conditions with personal protective equipment and taking safety precautions because the procedures applied at this stage cause the formation of bacillus-laden aerosols and carry a serious risk of transmission.

16 January 2025 in Journal of Molecular Structure
Verified
Journal Article
Closed access
EKEmine Kutlu
Emine Kutlu
KYKubra Yildirim
Kubra Yildirim
FEFatih Mehmet Emen
Fatih Mehmet Emen
MAMuhammad Asım Ali
Muhammad Asım Ali
MLMajda Licina
Majda Licina
NKNeslihan Kaya Kinaytürk
Neslihan Kaya Kinaytürk

25 February 2023 in Revista Brasileira de Farmacognosia
Verified
Journal Article
Closed access
PDF file
EŞEce Şimşek
Ece Şimşek
OKOrhan Koçak
Orhan Koçak
KYKubra Yildirim
Kubra Yildirim
AKAykut Kuruoğlu
Aykut Kuruoğlu
NTNazlı Deniz Taşkın
Nazlı Deniz Taşkın
ACAhmet Yilmaz Coban
Ahmet Yilmaz Coban

15 May 2025 in Diagnostic Microbiology and Infectious Disease
Verified
Journal Article
Closed access
KYKubra Yildirim
Kubra Yildirim

19 May 2025 in Journal of Balkan Science and Technology
Verified
Journal Article
Open access
PDF file
KYKubra Yildirim
Kubra Yildirim
This study investigates the potential antituberculosis activity of genistein, a soy-derived isoflavone, through its interaction with Toll-like receptor 2 (TLR2) using in-silico methods. Tuberculosis (TB), caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb), remains one of the deadliest infectious diseases globally, with rising cases of multidrug-resistant (MDR) and extensively drug-resistant (XDR) TB complicating treatment. TLR2 plays a critical role in the host immune response by recognizing Mtb cell wall components and activating signaling pathways that promote inflammation and bacterial clearance. Molecular docking studies demonstrated a strong binding affinity between genistein and TLR2, with a Vina score of -8.0 kcal/mol. Genistein interacted with key amino acid residues in the receptor's binding pocket, including ILE689, HIS697, TRP712, and ASP730. Further Absorption Distribution Metabolism Excretion (ADME) and toxicity predictions revealed that genistein undergoes extensive metabolism, generating 19 potential metabolites. Pharmacokinetic assays indicated that metabolites 7, 9, 15, 16, and 19 exhibited high Caco-2 cell line permeability, suggesting strong potential for oral bioavailability. However, metabolites 3, 5, 9, 13, 15, and 17 showed mutagenic potential in AMES tests, while metabolites 2, 5, 8, 10, 13, 15, and 17 displayed hepatotoxicity. Despite these risks, certain metabolites demonstrated favorable safety profiles, with LD50 values exceeding 2700 mg/kg. These findings suggest that genistein and its metabolites hold promise as complementary agents in TB treatment by modulating TLR2-mediated immune responses. However, further experimental validation and optimization are required to ensure efficacy and safety.

31 December 2023 in ANKEM DERGİSİ
Verified
Journal Article
Open access
PDF file
PMPooya Salehi Moharer
Pooya Salehi Moharer
KYKubra Yildirim
Kubra Yildirim
ACAhmet Yilmaz Coban
Ahmet Yilmaz Coban
Tüberküloz (TB), dünya genelinde enfeksiyon kaynaklı hastalıklar arasında ölümün önde gelen nedenlerinden biri olan bulaşıcı bir hastalıktır. TB’nin epidemiyolojik dağılımına göre, yüksek oranda TB basili ile enfekte hastaların bulunduğu ülkelerin büyük bir bölümü orta ve düşük gelirli ülkelerdir. Bu nedenle çalışmada düşük gelirli ülkelerde ve laboratuvarlarda TB ve çok ilaca dirençli ( TB izolatlarının ilaç duyarlılık testleri için kolayca kullanılabilecek yeni bir besiyeri olan AYC.2.2 agar besiyerinin klinik izolatlarla etkinliğinin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada Mycobacterium tuberculosis ATCC 27294 (H37Rv, tüm ilaçlara duyarlı), ATCC 35822 (izoniazid dirençli), ATCC 35838 (rifampisin dirençli), ATCC 35820 (streptomisin dirençli) ve ATCC 35837 (etambutol dirençli) referans suşlar ve 34 klinik izolat test edilmiştir. Çalışmadaki tüm anti TB ilaçlar ve izolatlar için kullanılan referans yöntem ve AYC.2.2 agar kullanılarak yapılan agar proporsiyon metodu arasında duyarlılık, özgüllük, pozitif prediktif değer (PPD), negatif prediktif değer (NPD) ve uyum hesaplanmıştır. İzoniazid ve rifampisin için tüm değerler %100 bulunmuştur. Etambutol için duyarlılık %100, özgüllük %88.23, PPD %89.47, NPD %100, uyum %94 olarak hesaplanmıştır. Streptomisin için duyarlılık %100, özgüllük %77.77, PPD %80, NPD %100, uyum %88 bulunmuştur. M. tuberculosis ATCC suşları klinik izolatların değerlendirilmesine dahil edilmemiş ve bunlardaki uyum %100 bulunmuştur. Elde edilen sonuçlara göre, sıvı otomatize sistemlere oranla üreme süresi dezavantaj olmasına rağmen, AYC.2.2. agar duyarlılık sonuçlarının belirlenmesinde otomatik sistemler kadar etkili bir şekilde kullanılabilmiştir. Maliyetinin düşük olması ve hazırlanmasının kolay olması en büyük avantajlarındandır. Ancak, rutin kullanıma geçmeden önce çok merkezli çalışmalara ihtiyaç vardır.