Biofilms in aquaculture tanks pose significant challenges, hindering cleaning processes and contributing to antibiotic resistance. This study investigated the effects of four Pseudoalteromonas strains on flat oyster (Ostrea edulis) rearing, with a specific focus on biofilm control and microbial communities. After confirming the safety of these strains for O. edulis, we monitored biofilm development and bacterial communities during a 4-month sexual maturation period. Biofilm biovolume was quantified using confocal laser scanning microscopy (CLSM), and bacterial community composition was analyzed via 16S rRNA gene metabarcoding of both biofilm and seawater samples. Our results revealed differences in bacterial community structure between biofilms and seawater. Furthermore, the presence of specific Pseudoalteromonas strains significantly impacted the composition of bacterial communities within the tanks. β-diversity analyses demonstrated that each strain exerted a unique influence on the bacterial community structure. Some Pseudoalteromonas strains effectively reduced biofilm biovolume without negatively impacting bacterial richness or diversity. These observations suggest that certain Pseudoalteromonas strains can effectively control biofilm formation while maintaining a diverse and potentially beneficial microbial community in O. edulis rearing tanks. The use of these strains as additives in aquaculture systems could offer several advantages, including reduced cleaning time and costs and a potential decrease in biocide usage.

The diversity of O-polysaccharides (O-antigens) among 28 Aeromonas salmonicida strains isolated from ill fish has been determined by using high-resolution magic angle spinning (HR MAS) NMR spectroscopy. The new O-polysaccharide has been identified in two isolates. This new structure was investigated by ¹H and ¹³C NMR spectroscopy and matrix-assisted laser-desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). The following structure of the linear hexasaccharide repeating unit of A. salmonicida O-antigen has been established: →3)-α-L-Rhap-(1→3)-α-D-ManpNAc-(1→2)-β-D-Glcp-(1→3)-α-L-Rhap2OAc4OAc-(1→3)-β-D-ManpNAc-(1→3)-α-D-Glcp-(1→. This new A. salmonicida O-polysaccharide was detected among two isolates collected from trout and turbot fish in 2010 and 2011, respectively. Further investigations should be conducted to evaluate the distribution of this new O-polysaccharide among a larger collection of isolates, depending on their geographic origin, the species of fish, and the health status of the fish.

L’aquaculture est un secteur en plein essor. L’intensification des pratiques d’élevage provoque des épisodes de mortalité qui menacent son développement. L’usage d’antibiotiques étant proscrit pour limiter le développement de l’antibiorésistance, des alternatives telles que les probiotiques doivent être considérées. Les probiotiques sont des additifs microbiens ayant un effet bénéfique sur l’hôte qui invitent à le considérer avec son microbiote comme une entité à étudier pour mieux comprendre la santé des animaux d’élevage.Des souches de Pseudoalteromonas ont été isolées de l’hémolymphe d’huîtres creuses et plates et produisent des peptides antibactériens, les altérines. Dans le cadre de ces travaux de thèse, l’incidence de ces souches un élevage d’huître plate a été évaluée et notamment sur les communautés bactériennes présentes. Les souches ainsi que les altérines qu’elles produisent, leur devenir dans un système digestif ont été caractérisées par analyses in silico et in vitro.Les analyses génomiques prédisent que les bactéries du genre Pseudoalteromonas ne présentent pas de facteurs de virulence et de gènes de résistance aux antibiotiques. Leur utilisation en aquaculture peut donc être envisagée. De plus, le spectre antibactérien des altérines a été précisé. L’addition des souches en bassin ostréicole engendre une modulation des communautés bactériennes associées à l’huître plate et au biofilm. Une réduction du biovolume de biofilm a également été constatée suite à l’exposition aux souches de Pseudoalteromonas. Enfin, une dégradation rapide de ces bactéries et des altérines dans le tractus gastrointestinal a pu être observée.Ces travaux de thèse ont donc permis d’illustrer les effets probiotiques des souches de Pseudoalteromonas sur l’huître plate Ostrea edulis et ouvrent des perspectives d’utilisation en élevage ostréicole.