Azole-resistant mycotic infections pose an escalating global health threat, with an estimated 6.5 million invasive fungal infections (IFIs) annually leading to 3.8 million deaths, 68% directly caused by IFIs. While azole antifungals are the cornerstone of treatment, emerging resistance, mainly due to gene mutations and efflux pump overexpression, is a major concern. This study, spanning 2015–2023, investigated azole resistance in clinical Aspergillus isolates in Turkey, a region lacking comprehensive surveillance. Of 200 causative isolates, A. fumigatus accounted for 45% and respiratory samples 57%. Overall azole resistance was 7%, rising to 11% for A. fumigatus. Findings highlight the persistent challenge of azole resistance, emphasizing the critical need for continued local and global surveillance to inform treatment guidelines and public health interventions. Despite limitations, including a single-center focus, this research provides crucial epidemiological insights into the evolving landscape of antifungal resistance in Turkey.

MALDI-TOF MS (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry) technology has become an effective tool in clinical mycology laboratories in recent years for the identification of pathogenic filamentous fungi. A total of 527 clinical specimens, comprising samples from both superficial and deep mycoses, were included in this study. Filamentous fungal samples isolated from various clinical specimens and identified using conventional methods between 2017 and 2018 at the Medical Microbiology Mycology Laboratory of Istanbul University-Cerrahpaşa Faculty of Medicine Hospital were analyzed using MALDI Biotyper Bruker Daltonik GmbH Revision 4 and the Filamentous Fungi database v3.0. In the identification of mold samples, the highest scoring identification values were determined with the liquid cultivation and extraction method recommended by MALDI-TOF MS for filamentous fungi. A total of 46 different filament fungi species, including 6 dermatophytes and 40 non-dermatophyte filament fungi species, were identified from the clinical samples in the study. Of the total of 527 clinical samples, 27% (n = 142) were identified as having high reliability in the range of 1.8 to 3, and 20% (n = 103) as having low reliability in the range of 1.6 to 1.79. The total rate of identified filament fungi was successfully determined as 47% (n = 245). In the practical experience of our medical mycology laboratory, we evaluated the current uses of MALDI-TOF MS and their practical application in daily routine. In the identification of mold species obtained from clinical samples by MALDI-TOF, it is important to meticulously prepare sample preparation protocols, use an identification strategy suitable for routine diagnosis, and continuously update libraries using advanced databases.

Candidemia is a major global health concern with rising incidence and mortality. Regional surveillance is essential, as species distribution and antifungal

Candida parapsilosis, özellikle kan kültürlerinden izole edilen önemli fungal patojenlerden biridir. Son yıllarda birçok bölgede merkezler arasında farklılıklar gösterse de kandidemi tedavisinde en sık tercih edilen flukonazole karşı direnç dikkat çekmektedir. Bu artış, enfeksiyon kontrolünü zorlaştırmakta ve tedaviyi olumsuz etkilemektedir. C.parapsilosis'te ERG11'de kodon 132 Y/F değişimi baskın mekanizma olarak kabul görmekte ve MRR1'de bazı amino asit değişimlerinin de dirence katkısı olabileceği bildirilmektedir. Bu çalışmada merkezimizde izole edilen C.parapsilosis sensu stricto'larda ERG11 ve MRR1 azol direnç mekanizmalarının aydınlatılması amaçlanmıştır. Kandidemi hastalarından elde edilen 2018 ve 2019 yıllarına ait 30 C.parapsilosis sensu stricto'nun sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle flukonazole duyarlılıkları test edilmiş ve koloni polimeraz zincir reaksiyonu [polymerase chain reaction (PCR)] yaklaşımıyla amplifiye edilerek seçilen bölgelere DNA dizi analizi yapılmıştır. Analiz sonucunda ERG11'de bir duyarlı izolatta Y132F mutasyonu, dirençli izolatlarda Y132F, G307A, K143R mutasyonları; MRR1'de duyarlı izolatta R405K ve dirençli izolatlarda G927C mutasyonu tespit edilmiştir. ERG11'de saptanan R398I mutasyonu ise doza bağımlı duyarlı ve duyarlı izolatlarda tespit edilmiştir. Y132F mutasyonu primer mekanizma ve en sık bulunan mutasyon olmasına rağmen potansiyel mekanizmalar ihmal edilmemelidir. Çalışmada, dirençli izolatlarda tespit edilen G307A ve G927C mutasyonlarının, bazı örneklerde tek mutasyon olarak bulunduğu gözlemlenmiştir. Duyarlı izolatlarda ise R398I mutasyonu yalnız başına saptanmıştır. Bu mekanizmaların anlaşılmasına yönelik çalışmalar tedavi stratejilerinin doğru geliştirilmesine fayda sağlayacaktır.

Dermatofit olmayan küfler (NDM’ler), başta onikomikoz olmak üzere yüzeysel mantar enfeksiyonlarının giderek daha fazla tanınan etiyolojik ajanları arasında yer almaktadır. Bu organizmalar arasında Fusarium türleri klinik olarak önemli patojenler olarak ortaya çıkmıştır; ancak birçok bölgede epidemiyolojik veriler sınırlı kalmaktadır. Sekiz yıllık bir dönemde yüzeysel klinik örneklerden elde edilen Fusarium izolatlarının dağılımını araştırmak ve MALDI-TOF kütle spektrometresi tabanlı tanımlama kullanarak epidemiyolojik önemlerini değerlendirmek. Bu retrospektif laboratuvar tabanlı çalışmada, Ocak 2015 ile Aralık 2023 tarihleri arasında Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikoloji Laboratuvarına gönderilen yüzeysel klinik örneklerden elde edilen tüm Fusarium izolatları incelenmiştir. İzolatlar, geleneksel fenotipik yöntemler ve matris destekli lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş süresi kütle spektrometresi (MALDI-TOF MS) kullanılarak tür düzeyinde tanımlanmıştır. Çalışmaya toplam 66 Fusarium izolatı dahil edildi. Tırnaktan alınan örnekler tüm örneklerin %94,0'ını (62/66) oluştururken, deri kazıntıları yalnızca %6,0'ını (4/66) temsil ediyordu. İzolatların büyük çoğunluğunu ayak tırnağı örnekleri (56/66, %84,9) ve el tırnağı örnekleri (6/66, %9,1) oluşturdu. Sadece dört izolat deri lezyonlarından elde edildi; bunlardan üçü ayak tabanı deri kazıntısı, biri ise gövde deri kazıntısıydı. Özellikle, Fusarium cinsi, çalışma süresi boyunca yüzeysel mikozlardan elde edilen tüm dermatofit olmayan küf izolatları arasında baskın olarak bulundu. Dermatofit olmayan küfler arasında Fusarium türlerinin saptanması ve tırnak örneklerinin belirgin üstünlüğü, bu türlerin özellikle onikomikozdaki olası klinik önemine işaret etmektedir. Bununla birlikte, Fusarium türleri yüzeysel örneklerde kontaminant veya kolonizan olarak da bulunabileceğinden, bu izolatların etken olarak değerlendirilmesinde klinik bulgular, doğrudan mikroskobik inceleme, tekrarlayan izolasyon ve uygun örnekleme gibi tanısal kriterlerin birlikte değerlendirilmesi önem taşımaktadır. Bulgularımız, doğru ve hızlı mantar tür tanımlamasında MALDI-TOF MS’nin değerini desteklemekte ve Fusarium türlerinin yüzeysel mantar enfeksiyonlarındaki gerçek katkısının rutin klinik uygulamada gözden kaçabileceğini düşündürmektedir.

The global epidemiology of dermatophytosis is rapidly changing due to the emergence of antifungal-resistant dermatophytes. Epidemiological surveillance has highlighted the need for accurate species-level identification and interaction between clinical microbiology laboratories and clinicians for treatment decisions and early detection of resistant strains. This study evaluated the epidemiological characteristics, anatomical distribution, and antifungal susceptibility profiles of dermatophyte infections encountered in routine clinical practice, and also aimed to investigate the complementary roles of MALDI-TOF MS and traditional mycological methods in routine clinical practice. In the Medical Microbiology and Mycology Laboratory of Istanbul University-Cerrahpaşa Faculty of Medicine Hospital, 126 dermatophyte isolates obtained from clinical samples of superficial mycoses between 2017-2018 were analyzed using conventional and MALDI-TOF methods. Patients with recurrent infections underwent antifungal susceptibility testing. Tinea corporis was the predominant clinical presentation, accounting for 41.3% of cases, followed by tinea unguium (30.2%) and tinea pedis (11.9%). MALDI-TOF MS provided reliable species-level identification for 71 (56.3%) of 126 isolates, while the remaining 55 isolates (43.7%) were characterized using conventional mycological methods. Conventional methods identified 39 isolates as Trichophyton mentagrophytes, four as Microsporum canis, three as Trichophyton rubrum, two as Trichophyton tonsurans, one as Microsporum audouinii, and one as Trichophyton violaceum, while five isolates were reported as other dermatophyte species. Overall, T. rubrum was the most frequently isolated species (48.4%), followed by T. mentagrophytes (31.7%). Antifungal susceptibility testing showed variable susceptibility profiles among isolates from persistent or recurrent cases. MALDI-TOF MS and conventional phenotypic methods should be considered complementary approaches for dermatophyte identification. The significant contribution of conventional methods to species identification underscores their continued importance in routine clinical mycology laboratories, particularly in situations where commercial MALDI-TOF MS databases are incomplete. Integrating identification and susceptibility testing improves the management and monitoring of resistant dermatophytosis.