Sadık Akgün

Dr. Sadık Akgün

orcid

Research Focus & Metrics

Academic Career Length

10Years (2017-Present)

(Calculated once Scilit publication data is synced: current year − year of first publication + 1)

Representative Publications

View All Publications
27 December 2017 in Journal of Contemporary Medicine
Verified
Journal Article
Closed access
PDF file
SASadık Akgün
Sadık Akgün
HSHakan Sezgin Sayiner
Hakan Sezgin Sayiner
TKTekin Karsligil
Tekin Karsligil
Tr en Amaç:Kistik ekinokokoz, Echinococcus granulosus’un metasestod formunun sebep olduğu bir helminto-zoonozdur. Kistik ekinokokoz’da klinik özelliklere dayanarak tanı koymak zordur. Bu nedenle spesifik antikorların tanımlanmasına yönelik serolojik yöntemler yaygın olarak kullanılmaktadır. Testlerin duyarlılığı ve özgüllüğü kullanılan yönteme göre değişmektedir. Bu çalışma serumda İndirekt Hemaglütinasyon (IHA), İndirekt Floresan Antikor (IFA) ve Enzim İmmuno Assay (ELISA) yöntemlerinin etkinliğini belirlemek amacı ile yapıldı. Hastalar ve Yöntem: Çalışmamızda Merkez Laboratuvarı’na kist hidatik ön tanısı almış 163 hastanın, serum örneğinde E. granulosus’a karşı oluşan IgG tipi antikorlarının varlığı İndirekt Hemaglütinasyon (IHA), İndirekt Floresan Antikor (IFA) ve Enzim İmmuno Assay (ELISA) testleri ile değerlendirildi. Test sonuçlarının değerlendirlmesinde Western-Blot yöntemi altın standart olarak kullanıldı. Bulgular:Toplam 163 hastanın serum örneğinde IHA, IFA ve ELISA testleri IgG antikoru sırası ile 83 (%51), 85 (%53) ve 70 (%42.95)’inde pozitifti. Western blot doğrulama testine göre IHA testlerinin duyarlılık ve özgüllük oranları sırası ile; testinin duyarlılığı %88.76, özgüllüğü %94.59, IFA testinin duyarlılığı %89.89, özgüllüğü %93.24, ELISA testinin duyarlılığı %78.65, özgüllüğü %100 olarak saptandı. Sonuç:Her üç yöntemle elde edilen test sonuçları birbiri ile karşılaştırıldığında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmadı. Bu nedenle IHA yönteminin serumda KE tanısında kullanılabilecek pratik ve ucuz bir yöntem olduğu kanısında varıldı. Objective: The aim of this study was to evaluate serologically type Ig G antibodies against E. granulosus, in 163 patients who referred with the suspicion of Cystic Echinococcosis from various clinics to Laboratory between 2007 and 2008, using İndirect Hemagglutination (IHA) test, by an İndirect Fluorescence antibody (IFA) test, and by an Enzyme-Linked İmmunosorbent Assay (ELISA) and to evaluate this antibodies using by Western blot. Method: Type Ig G antibodies against E. granulosus in serum samples of patients were investigated by a commercial indirect hemagglutination (IHA) test, by an indirect fluorescence antibody (IFA) test, and by an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Results were comfirmed by Western blot method. Result: Out of 163 patients, 83(51%) were positive with IHA, 85(53%) were positive with IFA, and 70(43%) were positive with ELISA. According to Western blot test, sensitivity and specifity of IHA test were 88.76% and 94.59%, respectively, for IFA sensitivity was 89.89% and specificity was 93.24%, and for ELISA sensitivity was 78.65% and specificity was 100%. Conclusion: As result, IFA and IHA methods were found equally sensitive and specific in the serological diagnosis of cystic hydatidosis, but ELISA method was found more spesific (100%) when compared to these two methods.

15 May 2020 in Polish Journal of Microbiology
Verified
Journal Article
Open access
PDF file
SASadık Akgün
Sadık Akgün
HSHakan Sezgin Sayiner
Hakan Sezgin Sayiner
Reporting of the results of routine laboratory blood culture tests to clinicians is vital to the patients’ early treatment. This study aimed to perform identification and antibiotic susceptibility tests of the blood cultures showing positive signals of microbial growth in the first 12 hours of incubation by using centrifugation and Gram staining of 5 ml of liquid from the vial, thus achieving faster results. This study included 152 consecutively incubated blood culture samples showing positive microbial growth signals in the first 12 hours. The samples were centrifuged and then categorized into two groups (Gram-positive and Gram-negative) using Gram staining. Identification and antibiotic susceptibility tests were performed using an automated culture antibiogram device. For routine processing, media inoculated with positive blood culture were kept in the incubator for at least 24 hours. To compare the two methods in terms of the bacteria identification, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) of the growing colony was studied. By Gram staining, the same bacterial strains were obtained for 138 (92%) of the 152 samples, similar to the results of the procedures mentioned earlier. With the samples tested with both methods, the antibiotic susceptibility profiles were compared using the antibiogram results for 1,984 samples that underwent the antibiotic testing. A 97.4% (for 1,934 antibiotic susceptibility assays) agreement was observed between the two methods. Comparing the results of the post-centrifugation Gram staining to those obtained for the specimens using routine procedures, the clinicians reported a high success rate (approximately 97%).

23 May 2022 in Turkish Journal of Parasitology
Verified
Journal Article
Closed access
TÇTuncay Çelik
Tuncay Çelik
CACüret Alev
Cüret Alev
SASadık Akgün
Sadık Akgün
EGEmek GÜLDOĞAN
Emek GÜLDOĞAN
FŞFunda Şahin
Funda Şahin
Cystic echinococcosis (CE) is prevalent, especially in animals in Turkey and stands as a significant zoonose. In this study, we aimed to retrospectively evaluate the indirect hemagglutination (IHA) tests results performed on samples of CE suspected patients in microbiology laboratory of our hospital. One thousand six hundred-seven files of patients admitted to hospital between January 2013 and December 2020 were examined for the presence of anti-E. granulosus immunoglobulin G antibodies. The patient's socio-demographic characteristics and radiological data were obtained from the hospital automatization system. A total of 1.607 file records; 644 (40.1%) males and 963 (59.9%) females, aged between 1-96 years (average 45.26±19.91) were examined. It was found that 244 (15.18%) of the patients were positive, 78 (4.86%) were determined at an intermediary value and 1.285 (79.96%) were negative. According to the IHA method a titer of 1/320 and above were evaluated as positive. Compared to anti-E. granulosus IgG antibody titers 164 radiological data; while 28.6% of 21 patients who are evaluated as negative (1/80) and 46.2% of 78 patients who were evaluated as intermediary titer (1/160) had cystic lesion in the radiological findings. Based on the data, it is suggested that while interpreting the patient's serum antibody titers, patient's clinical and radiological findings should also be taken into account. If possible, it should be used along with another serological method like ELISA to assist CE patient's diagnosis and treatment.

21 January 2021 in Journal of Clinical Medicine of Kazakhstan
Verified
Journal Article
Open access
PDF file
SASadık Akgün
Sadık Akgün
MKMehmet Karataş
Mehmet Karataş
SDSedat Doğan
Sedat Doğan
MTMehmet Turğut
Mehmet Turğut
NÇNazif Çalış
Nazif Çalış
Objective: To determine and to compare the core and the surface bacteriologies of the adenoids of the pediatric patients with obstructive adenoid hypertrophy, recurrent adenotonsillitis, and otitis media with effusion and to evaluate antibiotic susceptibility test patterns of the potential pathogen bacteria. Material and methods: This prospective study was performed on 230 pediatric patients operated for either OAH, RAT, and OME during the time period from April 2014 to July 2017 in the Otorhinolaryngology Clinic of Adıyaman University Education and Research Hospital. Results: The potential pathogen bacteria isolated from the adenoids' surfaces and cores of obstructive adenoid hypertrophy, recurrent adenotonsillitis, and otitis media with effusion groups were as follows: 33/148 (22.3%)-17/148 (11.5%), 9/61 (14.8%)-5/61 (8.2%), and 6/21 (28.6%)-3/21 (14.3%) (p>0.05). Conclusion: There was not statistical difference between the adenoids' surface and core cultures of obstructive adenoid hypertrophy, recurrent adenotonsillitis, and otitis media with effusion.

31 December 2020 in JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY AND STRATEGIC HEALTH RESEARCH
Verified
Journal Article
Closed access
GTGülnur Tarhan
Gülnur Tarhan
GYGulfer YAKICI
Gulfer YAKICI
BKBegüm Kayar
Begüm Kayar
SASadık Akgün
Sadık Akgün
FKFatih Köksal
Fatih Köksal
Amaç : Tüberküloz (TB) tüm dünyada ciddi bir problem olmaya devam etmektedir. Türkiye hala TB insidansı orta derecede olan ülkeler arasında yer almaktadır. Dünya Sağlık Örgütü (WHO)’nün 2019 yılı küresel verem raporuna göre, 2018 yılında Türkiye’de ki TB insidansı 100.000’de 18 dir.2018 yılında yeni ve yeniden tedavi edilen olguların çoklu ilaç direnci (ÇİD) oranı Türkiye'den % 2,9 ve % 16 idi. Adıyaman ilinde izole edilen Mycobacterium tuberculosis kompleksi (MTBK) suşlarına ait ilaç direnci profili ve genotip dağılımı hakkında veri bulunmamaktadır. Bu çalışma ilimizde izole edilen MTBK suşlarının direnç profili ve genotip dağılımının belirlenmesi amacı ile yapılmıştır. Materyal ve Metod: Adıyaman Üniversitesi Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikobakteriyoloji Laboratuvarında Ocak 2015-Aralık 2016 tarihleri arasında izole edilen toplam 46 MTBK suşunun ilaç duyarlılık testi BACTECTM MGITTM 960 TB ilaç duyarlılık testi SİRE kiti kullanılarak yapıldı. İzolatların genotiplemesi spoligotipleme ve MIRU- VNTR yöntemleri ile yapıldı. Bulgular: Streptomisin, izoniazid, rifampin ve etambutole duyarlılık testleri SIRE Kiti kullanılarak MGIT 960 sistemi ile yapıldı. 46 MTBK izolatı içinde rifampisin, INH ve çoklu ilaca direnç %6,52 olarak saptandı. 46 izolattın 37’sinde 6 spoligotip ailesi saptanmış olup, en fazla T ailesinde kümelenme olduğu tespit edildi. MIRU sonuçlarına göre güncellenmiş bir veri tabanında mevcut MIRU uluslararası türleri ile eşleşen 12 orphan ve 21 pattern tanımlandı. Sonuç: Tüm dünyada önemli halk sağlığı problemlerinden biri olan tüberkülozun kontrol altına alınmasında ve direncin en kısa sürede saptanmasında mikrobiyolojik çalışmaların önemi büyüktür. Tüberkülozun kontrol altına alınmasında mutlaka ilaç duyarlılık testlerinin yapılması ve genotip düzeyindeki epidemiyolojik verilerin önemli bir yeri vardır.

7 August 2025 in Artuklu Health
Verified
Journal Article
Open access
ATArif İrFan Turan
Arif İrFan Turan
SASadık Akgün
Sadık Akgün
HTHakan Temiz
Hakan Temiz
Giriş: Bu çalışmada, diyabetli ve diyabetli olmayan bireylerin bağırsak mikrobiyota çeşitliliği kültür tabanlı yöntemlerle karşılaştırılmış, elde edilen bulgular literatürle ilişkilendirilerek değerlendirilmiştir. Amaç, disbiyozun diyabet gelişimindeki olası rolünü ortaya koymaktır. Yöntem: 25/11/2020–15/04/2021 tarihleri arasında Adıyaman Üniversitesi Hastanesi'ne dışkı analizi için gönderilen 237 örneğe kültür ve identifikasyon uygulanmış; aynı hastalardan alınan serum örneklerinde glukoz ve hemoglobin A1c düzeyleri belirlenmiştir. Veriler Statistical Package for the Social Sciences 23.0 ile analiz edilmiştir. Bulgular: Dışkı örneklerinde en fazla üç farklı bakteri türü saptanmıştır. Tek tür bakteri üremesi diyabetli hastalarda (n=86) diyabetli olmayanlara (n=72) göre daha fazladır. İki tür üreme diyabetli olmayanlarda (n=37), diyabetlilere (n=14) kıyasla daha yaygındır. Üç tür bakteri ise sadece diyabeti olmayan iki hastada tespit edilmiştir. Ayrıca, Escherichia coli genellikle diyabetli bireylerde tek başına üremiştir. Sonuç: Bu bulgular, bağırsak mikrobiyotasının metabolik hastalık riskini değerlendirmede potansiyel bir biyobelirteç olabileceğini göstermektedir. Ayrıca, mikrobiyota kompozisyonunun önceden analiz edilmesiyle diyabet gelişiminin önlenebileceği düşünülmektedir.