Background: The timely and accurate diagnosis of specific influenza virus strains is crucial to effective prophylaxis, vaccine preparation and early antiviral therapy. The detection of influenza A viruses is mainly accomplished using polymerase chain reaction (PCR) techniques or antibody-based assays. In conjugation with the immunoassay utilizing monoclonal antibody, mass spectrometry is an alternative to identify proteins derived from a target influenza virus. Taking advantage of the large surface area-to-volume ratio, antibody-conjugated magnetic nanoparticles can act as an effective probe to extract influenza virus for sodium dodecylsulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) and on-bead mass spectrometric analysis. Results: Iron oxide magnetic nanoparticles (MNP) were functionalized with H5N2 viral antibodies targeting the hemagglutinin protein and capped with methoxy-terminated ethylene glycol to suppress nonspecific binding. The antibody-conjugated MNPs possessed a high specificity to H5N2 virus without cross-reactivity with recombinant H5N1 viruses. The unambiguous identification of the captured hemagglutinin on magnetic nanoparticles was realized by SDS-PAGE visualization and peptide sequence identification using liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). Conclusions: The assay combining efficient magnetic separation and MALDI-MS readout offers a rapid and sensitive method for virus screening. Direct on-MNP detection by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) provided high sensitivity (~10³ EID₅₀ per mL) and a timely diagnosis within one hour. The magnetic nanoparticles encapsulated with monoclonal antibodies could be used as a specific probe to distinguish different subtypes of influenza.

Attenuated infectious bronchitis virus (IBV) vaccines are available but the relationship between sequence and virulence is not clear. In this study, the sequences of the 3′ 7.3 kb of the genome, amplified using reverse transcription-polymerase chain reaction before and after attenuation, were compared to study the relationship between virulence and the sequences of three IBV strains. After attenuation, two to six amino acid substitutions were found in the spike 1 subunit, and two or three amino acid substitutions were found in the spike 2 subunit. None or one amino acid substitution was found in the small membrane protein, and one or three amino acid substitutions were found in the membrane protein. However, no amino acid substitution was found in the nucleocapsid (N) protein, indicating that the N protein might not be related to this attenuation. The 3′ untranslated region after the N gene of one strain was partially deleted after attenuation, and might be correlated with virulence. This study is the first demonstration for IBV comparing sequence changes in the 3′ 7.3 kb genome after attenuation. The aforementioned information on amino acid changes might be useful in future virulence studies. Modifications de la séquence des souches de virus de la bronchite infectieuse aviaire, au niveau des 7.3 kb situés en 3′ du génome, après atténuation par passage sur œufs embryonnés Des vaccins de la bronchite infectieuse aviaire à virus atténués (IBV) sont disponibles mais la relation entre la séquence et la virulence n'est pas claire. Dans cette étude, au niveau 3′ du génome, les séquences de 7.3 kb ont été amplifiées par les réactions de transcription inverse et de polymérisation en chaîne (RT-PCR) avant et après l'atténuation, puis elles ont été comparées pour étudier les relations entre la virulence et les séquences de trois souches d'IBV. Après l'atténuation, il a été observé la substitution de deux à six acides aminés au niveau de la sous-unité du spicule 1 (S1), et de deux ou trois acides aminés au niveau de la sous-unité S2. Il a été observé aucune substitution ou la substitution d'un acide aminé au niveau de la petite protéine de membrane. Il a également été observé, la substitution de un ou trois acides aminés au niveau de la protéine de membrane. Cependant, aucune substitution d'acide aminé n'a été trouvé au niveau de la protéine de la nucléocapside (N), indiquant que la protéine N ne devait pas être concernée par cette atténuation. La région 3′ non traduite (UTR) après le gène N d'une souche a été partiellement délétée après l'atténuation, ce qui pourrait être corrélée à la virulence. Cette étude est la première démonstration pour les IBV des modifications de la séquence de 7.3 kb au niveau 3′ du génome après atténuation. L'information ci-dessus mentionnée sur les changements en acides aminés peut être utile pour les études ultérieures sur la virulence. Sequenzänderungen in den 3′ 7.3 kb des Genoms bei Isolaten des infektiöse Bronchitisvirus nach Attenuierungspassagen in embryonierten Eiern Vakzine mit attenuiertem infektiösem Bronchitisvirus (IBV) stehen zur Verfügung, aber die Beziehung zwischen der Sequenz und der Virulenz des Virus ist nicht klar. In dieser Studie wurden die vor und nach der Attenuierung mittels Reverser Transkriptase-Polymerasekettenreaktion (RT-PCR) amplifizierten 3′ 7.3 kb des Genoms verglichen, um die Beziehung zwischen Virulenz und den Sequenzen von drei IBV-Stämmen zu untersuchen. Nach der Attenuierung wurden in der Spike 1 (S1)-Untereinheit zwei bis sechs Aminosäuresubstitutionen und in der S2-Untereinheit zwei bis drei Aminosäuresubstitutionen festgestellt. Kein oder nur ein Aminosäurenaustausch wurde im kleinen Membranprotein und eine oder drei Aminosäuresubstitutionen wurden im Membranprotein gefunden. Im Nukleokapsid (N)-Protein wurde jedoch keine Aminosäuresubstitution ermittelt, was darauf hinweist, dass das N-Protein nicht in die Attenuierung involviert ist. Die nicht translatierte 3′-Region (UTR) nach dem N-Gen war bei einem Stamm nach der Attenuierung teilweise deletiert und kann mit der Virulenz in Beziehung stehen. Diese Studie ist die erste vergleichende Darstellung von IBV-Sequenzänderungen im 3′ 7.3 kb-Genom nach Attenuierung. Die genannten Informationen über Aminosäurenveränderungen können in weiteren Virulenzstudien hilfreich sein. Cambios en la secuencia de 3,7 Kb de la región 3′ del genoma de virus de bronquitis infecciosa aviar tras pases de atenuación en huevos embrionados Las vacunas atenuadas del virus de bronquitis infecciosa aviar (IBV) están disponibles pero la relación entre secuencia y virulencia no está clara. En este estudio, se amplificaron 3,7 kb de la región 3′ del genoma mediante transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR) antes y después de la atenuación, y se compararon las secuencias para estudiar la relación entre virulencia y las secuencias de tres cepas de IBV. Tras la atenuación, se observaron entre 2 y 6 sustituciones aminoacídicas en la subunidad 1 de la espícula (S1), y 2 o tres en la subunidad 2. Se observaron una o ninguna sustitución aminoacídica en la proteína pequeña de la membrana, y entre una y tres en la proteína de la membrana. Sin embargo, no se observaron sustituciones aminoacídicas en la proteína de la...

Avian influenza virus (AIV) monitoring in migratory birds has been performed in Taiwan since 1998. From 1998 to 2007, 29,287 samples were collected from wild ducks, shorebirds, and other wild birds in the four wetlands around Taiwan and at two outside islets, Penghu and Kinmen. Virus isolation was performed for all collected samples by inoculating chicken embryos. The AIV in the allantoic fluid was identified using hemagglutination and reverse transcription PCR. The AIV prevalence from those samples was 0.81% (237/29,287). The peak prevalence reached 1.06% (186/17,493) from September to December, during which time migrating ducks came from the North. The prevalence from January to April was 0.51%. However, no virus was isolated from May to August. The partial HA genes of 28 H4 AIVs were sequenced and analyzed. The phylogenetic tree showed that a correlation existed between the isolation years and the evolutional distances. The pathogenicity of the isolated H5 and H7 AIVs was determined by intrave... RESUMEN. Seguimiento del virus de la influenza aviar en aves migratorias en Taiwán del año 1998 al 2007. Se ha llevado a cabo en Taiwán el seguimiento del virus de la influenza aviar en aves migratorias desde el año 1998. Entre el año 1998 al 2007, se recolectaron 29 287 muestras de patos silvestres, de aves costeras y de otras aves silvestres en los cuatro humedales que rodean Taiwán y en dos islotes externos, Penghu y Kinmen. El aislamiento del virus se realizó para todas las muestras recogidas mediante la inoculación en embriones de pollo. El virus de la influenza aviar en el líquido alantoideo fue identificado mediante hemaglutinación y por transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa. La prevalencia del virus de la influenza aviar en las muestras fue de 0.81% (237/29 287). La prevalencia máxima alcanzó el 1.06% (186/17 493) de septiembre a diciembre, tiempo durante el cual los patos migratorios llegaron del norte. La prevalencia de enero a abril fue del 0.51%. Sin embargo, no se aisló ...