Hedgehog (Hh) morphogen signalling plays an essential role in tissue development and homeostasis. While much is known about the Hh signal transduction pathway, far less is known about the molecules that regulate the expression of the hedgehog (hh) ligand itself. Here we reveal that Shaggy (Sgg), the Drosophila melanogaster orthologue of GSK3β, and the N-end Rule Ubiquitin-protein ligase Hyperplastic Discs (Hyd) act together to co-ordinate Hedgehog signalling through regulating hh ligand expression and Cubitus interruptus (Ci) expression. Increased hh and Ci expression within hyd mutant clones was effectively suppressed by sgg RNAi, placing sgg downstream of hyd. Functionally, sgg RNAi also rescued the adult hyd mutant head phenotype. Consistent with the genetic interactions, we found Hyd to physically interact with Sgg and Ci. Taken together we propose that Hyd and Sgg function to co-ordinate hh ligand and Ci expression, which in turn influences important developmental signalling pathways during imaginal disc development. These findings are important as tight temporal/spatial regulation of hh ligand expression underlies its important roles in animal development and tissue homeostasis. When deregulated, hh ligand family misexpression underlies numerous human diseases (e.g., colorectal, lung, pancreatic and haematological cancers) and developmental defects (e.g., cyclopia and polydactyly). In summary, our Drosophila-based findings highlight an apical role for Hyd and Sgg in initiating Hedgehog signalling, which could also be evolutionarily conserved in mammals.

To be functional, some RNAs require a processing step involving splicing events. Each splicing event necessitates an RNA ligation step. RNA ligation is a process that can be achieved with various intermediaries such as self-catalysing RNAs, 5′–3′ and 3′–5′ RNA ligases. While several types of RNA ligation mechanisms occur in human, RtcB is the only 3′–5′ RNA ligase identified in human cells to date. RtcB RNA ligation activity is well known to be essential for the splicing of XBP1, an essential transcription factor of the unfolded protein response; as well as for the maturation of specific intron-containing tRNAs. As such, RtcB is a core factor in protein synthesis and homeostasis. Taking advantage of the high homology between RtcB orthologues in archaea, bacteria and eukaryotes, this review will provide an introduction to the structure of RtcB and the mechanism of 3′–5′ RNA ligation. This analysis is followed by a description of the mechanisms regulating RtcB activity and localisation, its known partners and its various functions from bacteria to human with a specific focus on human cancer.

Parkinson’s disease (PD) is the second most common neurodegenerative disease. It primarily affects the motor system but is also associated with a range of cognitive impairments that can manifest early in disease progression, indicating its multifaceted nature. In this paper, we performed a meta-analysis of transcriptomics and proteomics data using MultiOmicsIntegrator to gain insights into the post-transcriptional modifications and deregulated pathways associated with this disease. Our results reveal differential isoform usage between control and PD patient brain samples that result in enriched alternative splicing events, including an extended UTR length, domain loss, and the upregulation of non-coding isoforms. We found that Inositol-Requiring Enzyme 1 (IRE1) is active in PD samples and examined the role of its downstream signaling through X-box binding mRNA 1 (XBP1) and regulated IRE1-dependent decay (RIDD). We identified several RIDD candidates and showed that the enriched alternative splicing events observed are associated with RIDD. Moreover, in vitro mRNA cleavage assays demonstrated that OSBPL3, C16orf74, and SLC6A1 mRNAs are targets of IRE1 RNAse activity. Finally, a pathway enrichment analysis of both XBP1s and RIDD targets in the PD samples uncovered associations with processes such as immune response, oxidative stress, signal transduction, and cell–cell communication that have previously been linked to PD. These findings highlight a potential regulatory role of IRE in PD.

The tumour microenvironment (TME) comprises a dynamic network of structural, cellular, and signalling components that interact to influence tumour development. Immune cells play a key role in recognizing and eliminating cancer cells through detection of tumour‐derived membrane and secreted proteins processed in the endoplasmic reticulum (ER). These ER‐matured proteins on target cells act as critical communication signals, coordinating immune responses against tumour cells. However, during tumorigenesis, accumulation of unfolded or misfolded proteins in the ER of the cancer cells triggers the unfolded protein response (UPR), a transcriptional program that alleviates proteotoxic stress by reshaping the cancer cell proteome and secretome, thereby promoting survival. Activation of UPR disrupts intercellular communication and ultimately impairs immune‐mediated tumour clearance. Understanding this crosstalk could inform the development of therapeutics targeting UPR‐driven immune modulation. This review discusses how UPR‐signalling modulates tumour‐immune cell interactions within the TME.

Notre laboratoire a découvert chez une famille de patients atteints de Lupus une mutation hétérozygote du gène ERN1 codant pour la protéine IRE1a : le principal inducteur de la réponse aux protéines mal conformées (UPR). L'UPR est un programme transcriptionnel ayant pour but de restaurer la fonction du réticulum endoplasmique (RE) lorsque celui-ci est surchargé de protéines mal conformées, un phénomène également appelé stress du RE. Le stress du RE va induire l'UPR par l'activation d'IRE1a, provoquant une réponse pro-survie dédiée au retour à l'homéostasie du RE dans le cas d'un stress aigu ou pro-apoptotique dans le cas d'un stress chronique. Par expression de la version humaine sauvage et mutée de la protéine dans la levure à l'état homozygote nous avons montrés que la mutation entraine une perte de fonction totale de son activité RNAse et partielle de son activité kinase. Avec un système de surexpression de IRE1a dans une lignée HEK293, nous avons confirmé que la protéine mutée était bien exprimée par des cellules humaines et cela malgré un fort impact de la mutation sur la protéine révélée par nos analyses in silico. Ces résultats nous ont orienté vers un modèle de mutation dominante négative, IRE1a fonctionnant sous la forme de dimères ou d'oligomères. Les analyses moléculaires de l'UPR réalisées sur des lymphocytes B immortalisés par le virus Epstein-Barr (B-EBV) issues du patient index montrent un épissage retardé d'XBP1, la cible principale de l'activité RNAse d'IRE1a, observable par l'expression diminuée de sa forme épissée (XBP1s) et augmentée de sa forme totale (XBP1u). Le ratio XBP1s/XBP1u confirme ce changement dans la régulation temporelle de la voie IRE1a-XBP1 qui montre des signes croissants d'activité jusqu'à 48h alors que la voie retourne à l'homéostasie chez les contrôles. Cette dérégulation ne semble pas modifier l'expression des cibles observées de ce facteur transcriptionnel : EDEM1, DNAJB9 et DNAJC3. En revanche, l'expression d'IL6 est fortement augmentée à l'état basal ainsi qu'après stimulation à la tunicamycine. Les analyses fonctionnelles ont montré une résistance à l'apoptose extrinsèque des B-EBV du patient index et cela sans diminution de l'expression des récepteurs FAS et TRAIL à la membrane. Cette résistance pourrait être à l'origine du phénotype d'auto-immunité présenté par les divers membres de la famille porteurs de la mutation. Une analyse par Western Blot a montré une expression diminuée de Caspase-3 comparée à un contrôle. Caspase-3 étant une cible du RIDD (Regulated IRE1a-dependent decay of mRNA), une activité de dégradation des ARNm issue de l'activité RNAse d'IRE1a, notre hypothèse est que l'activation augmentée dans le temps d'IRE1a va provoquer une perturbation dans l'induction de l'apoptose par l'UPR, la voie IRE1a devant être désactivée pour induire la mort cellulaire. La voie IRE1a-XBP1 possède des liens directs avec la voie PI3K : via l'association entre XBP1 et p85a/b pour augmenter sa translocation nucléaire d'une part et via l'inhibition induite d'IRE1a par la réactivation de la voie PI3K après induction d'un stress du RE d'autre part. Or, deux familles présentant un lupus ou un tableau clinique proche de nos patients ERN1, sont également porteurs de mutation dans PIK3R1 et PIK3R2 codant pour p85a/b, deux protéines essentielles à la signalisation de la voie PI3K/AKT. La voie PI3K/AKT étant importante pour la prolifération et la survie cellulaire et la phosphorylation d'AKT étant fortement diminuée dans notre modèle B-EBV ERN1 KO, nous supposons que des défauts de cette voie peuvent également converger vers la voie IRE1a-XBP1 et induire une auto-immunité par résistance à l'apoptose extrinsèque. Ces travaux renforcent la notion d'un lien entre le stress du RE et l'auto-immunité, apportant un premier élément de réponse par la description de ces cas de lupus monogénique.