Bu çalışma, Bafa Gölü ve batısında kalan alanın hidrojeolojik-hidrojeokimyasal incelenmesini ve mevcut yüzey-yeraltı suyu ilişkisi ile kirliliğinin araştırılmasını kapsamaktadır. İnceleme alanı ve çevresindeki jeolojik yapının temelini Menderes Masifi kayaçları oluşturmaktadır. Menderes Masifi’ne ait Jura-Kretase yaşlı mermerler, üzerleyen Neojen gölsel karbonatlar ve Kuvaterner alüvyon akifer oluşturan birimlerdir. Birçok kaynak ile kuyudan yeraltı suyu üretimi bulunmaktadır. Sırasıyla 23400 ve 56000 µS/cm iletkenlik değerlerine sahip Bafa Gölü ile jeotermal akışkan Na-Cl egemen sulardır. Tuzlu sularda deniz suyu karışım yüzdeleri hesaplanmıştır. Bafa Gölü; deniz suyu girişimi etkisindeki jeotermal sularla, yağışlarla ve Büyük Menderes Nehir sularıyla beslenmektedir. Bafa Gölü kuzeybatısında Menderes Masifi’ne ait mermerlerden sağlanan ılık, tuzlu, karstik sular yöredeki balık çiftlikleri tarafından kullanılmaktadır. Yaklaşık 2 m3 /s debiyle üretilen sular, kullanım sonrası Bafa Gölü’ne ya da Menderes Nehri’ne boşaltılmaktadır. Gölün kimyasını belirleyen süreçler bu suların karışımı ve buharlaşma etkisidir. Deniz suyu girişimi, denizden Bafa Gölü’ne kadar uzanan Akköy Fayı ile denetlenmektedir. Bafa Gölü’nün tuzluluğu kirlenme işareti değil, doğal jeolojik evriminin sonucudur. Bununla birlikte Bafa Gölü’ne deşarj edilen yüksek çözünmüş madde içeren jeotermal sular, gölün ekosistemini olumsuz etkilemektedir. Düşük sıcaklıklı suların çekim yapıldığı kuyular, jeotermal kuyu olarak ruhsatlandırılmalıdır. Kullanım ardından amonyumdan arıtılarak mermer birimine geri basılması, rezervuarın ve ekosistemin devamlılığı için en uygun yöntem olarak belirlenmiştir. Suların içme, hayvancılık ve alabalık üretimine uygunluk durumları incelenmiştir. Bafa Gölü ve çevresindeki yüzey – yeraltı suyu ilişkisi belirlenmiş ve organik-inorganik analiz sonuçları değerlendirilerek yorumlanmıştır. Bafa Gölü’nün sürdürülebilir su kaynak yönetimi için çözüm önerileri detaylarıyla sunulmuştur.