Objetivos: analisar os fatores que influenciam a gestão municipal do Programa Nacional de Alimentação Escolar (PNAE) em municípios goianos. Métodos: Estudo transversal realizado em 33 municípios do estado de Goiás em 2018. Os dados foram coletados por pesquisadores treinados através da aplicação de um questionário semiestruturado in loco com os gestores municipais do PNAE. Foi utilizada uma matriz avaliativa validada, composta por duas dimensões (político organizacional e técnico operacional), com três subdimensões em cada uma e um total de 22 indicadores. As associações foram testadas utilizando a correlação de Spearman (rs), com um nível de significância de p<0.05. Resultados: Em 69,7% dos municípios, a gestão do PNAE foi avaliada como “ruim”. Destaca-se que a subdimensão “recursos” apresentou uma correlação positiva com a atuação intersetorial (rs= 0,669; p < 0,01), monitoramento alimentar e nutricional (rs=0,509; p<0,05) e atuação pedagógica (rs=0,539; p < 0,01). Além disso, a “atuação intersetorial” mostrou-se associada ao controle social (rs=0,427; p<0,05), monitoramento alimentar e nutricional (rs=0,502; p<0,01) e atuação pedagógica (rs=0,539; p<0,01). Conclusão: A maioria dos municípios avaliados enfrenta desafios na gestão do PNAE, principalmente no que diz respeito aos recursos humanos, financeiros, atuação intersetorial e pedagógica. Ressalta-se a necessidade de melhorias desses fatores para o aprimoramento deste Programa importante na alimentação e saúde dos escolares.