Marmara Denizi’ne akan atıksuların taşıdığı besin maddelerinden dolayı denizde alg ve diğer fitoplanktonlar da ciddi bir çoğalma meydana gelmiştir. Alg ve diğer fitoplanktonlara bağlı olarak da Marmara Denizi’nde deniz salyası meydana gelmiş ve etkisini halen sürdürmektedir. Deniz suyunun, toplam karbon, inorganik karbon, toplam organik karbon ve toplam azot değerleri analiz edilmiştir. Deniz salyasının da toplam karbon, inorganik karbon, toplam organik karbon ve toplam azot değerleri saptanmıştır. Müsilajın pH değeri 6,70-6,94 arasında, deniz suyunun pH değeri ise 7,97-8,15 arasındadır. Müsilajın asidik, deniz suyunun ise bazik olduğu görülmektedir. Yapılan azot+fosfor deneyinde deniz suyunun pH değeri 7,13-7,25’e kadar düştüğü, müsilajda ise 6,4’e düşerek ortamın asitleştiği görülmüştür. Deniz suyunun asitliğin artışıyla birlikte elektrik iletkenliği de artmıştır. Deniz salyasının çözünmüş oksijen miktarı ölçülemeyecek kadar küçük olup, %25 tatlı su katılması durumunda oksijen değeri 1,21- 1,22 ppm’e kadar yükselmektedir. Deniz ekosisteminin korunması için denize arıtılmamış sular atılmamalı, bunun aksine Marmara Denizi’ne tatlı su veya oksijeni yüksek deniz sularının katılması, deniz ekosisteminin korunmasına katkı yapacaktır.