Indigenous bacterial populations in soil suppressiveness to Fusarium graminearum: Dans les écosystèmes naturels, les plantes cultivées sont exposées à une myriade de microorganismes avec lesquels elles interagissent. Ces interactions peuvent être phytobénéfiques, comme l’interaction entre la plante et les rhizobactéries favorisant la croissance des plantes (PGPR), ou elles peuvent être négatives, comme l’interaction entre la plante et les phytopathogènes. Fusarium graminearum, un phytopathogène fongique et producteur de mycotoxines, provoque des pertes économiques importantes dans les cultures (y compris le blé) dans le monde entier. Cependant, les sols résistants, dans lesquels la résistance aux maladies se produit malgré la présence de la plante hôte, du phytopathogène et des conditions environnementales favorables au développement de la maladie, représentent un bon modèle de résistance aux maladies médiée par le microbiote et une source abondante de PGPR. Les sols fongistatiques, où les propagules fongiques sont affectées par le microbiote du sol, contribuent à la résistance des maladies causées par les champignons. Notre hypothèse est que les sols résistants au Fusarium, qui sont largement répandus, peuvent être identifiés grâce à une analyse des sols dans les zones présentant des problèmes de maladie limités (sur la base des observations des agriculteurs) ou dans celles qui ont fait l'objet d'une gestion basée sur la matière organique, et que la résistance des sols est déterminée par les facteurs biotiques. Dans ce contexte, nos objectifs étaient de (i) tester de champs serbes pour leurs capacités à inhiber le développement de F. graminearum et de résister à la fonte des semis du blé et de comparer leur microbiote procaryote et fongique, (ii) d'évaluer l'utilité des sols fongistatiques contre F. graminearum en tant que source de bactéries phytobénéfiques, et (iii) de comparer le potentiel génomique et fonctionnel des souches de Pseudomonas provenant de sols résistants et non-résistants. Nos travaux ont identifié des sols fongistatiques (via une approche qPCR) et résistants à la fonte des semis de F. graminearum en Serbie, et ont montré que les amendements du fumier peuvent favoriser la fongistase. Nous avons également démontré qu’aussi bien les sols fongistatiques que les non fongistatiques peuvent être résistant à la fonte des semis, avec chaque sol hébergeant son microbiote spécifique. De plus, nous avons constaté que les sols fongistatiques et non fongistatiques peuvent être une source potentielle d'agents de lutte biologique contre F. graminearum (en effectuant un test de double culture in vitro, un séquençage génomique, une caractérisation fonctionnelle in vitro et un test in planta). Enfin, nous avons montré que les populations de Pseudomonas provenant de sols résistants et non-résistants présentent des capacités de biocontrôles similaires. Dans l’ensemble, nos résultats suggèrent que des sols fongistatiques et résistants à la fonte des semis de blé de F. graminearum peuvent être trouvés en Serbie (comme partout dans le monde), avec le fumier comme facteur favorisant la fongistase, et que les phénomènes de fongistase et de résistance sont induits par des facteurs biotiques.

Understanding salmonid spawning dynamics is critical for conserving cold-water river ecosystems amid increasing human and climate pressures. This study developed and validated a species-specific eDNA (Salmo cf. trutta and Thymallus thymallus) and evaluated its performance for seasonal spawning activity monitoring using droplet digital PCR (ddPCR). Species-specific primers and probes targeting mitochondrial nd5 (S. trutta) and cytb (T. thymallus) genes were designed and optimized as a duplex assay. Performance assessments included in vitro validation, cross-amplification testing, and determining the LOB, LOD, and LOQ. Field validation over a year at two spawning sites in the Gradac River, Serbia, involved seasonal eDNA sampling, filtration, extraction, and ddPCR analysis. Fish community composition was also assessed with electrofishing and metabarcoding. The assay showed high specificity and sensitivity, with LODs of 0.14 cp/µL and LOQs of 0.99 and 1.25 cpµL for S. trutta and T. thymallus. S. trutta eDNA peaked in late autumn during spawning, while T. thymallus remained at or below detection limits, reflecting its lower abundance and different spawning season. Filter type affected filtration efficiency but not eDNA yield. These findings confirm ddPCR-based eDNA as a powerful, non-invasive tool for monitoring salmonid spawning and seasonal changes, supporting adaptive fisheries management and conservation amid environmental changes.