This study reports the high prevalence and molecular characterization of BoHV-1 infection in imported cattle with respiratory system disease after international transport. A high mortality rate of 14.16% (51/360) was reported in a group of animals imported from Hungary to Turkey in 2019. A total of 17 samples were evaluated (3 lung tissue and 14 nasal swab samples) from 15 cattle aged 6 to 9 months not vaccinated against BoHV-1. Virus isolation, polymerase chain reaction (PCR) and restriction endonuclease analysis (REA) procedures were performed within the scope of this study. By virus isolation in MDBK cells, cytopathologic effects was detected in 8 samples (3 lung tissue and 5 nasal swabs samples). The same eight samples were also found positive by BoHV-1 PCR targeting gC (UL44) gene region. According to the sequencing result, the sample (ID: 10054) dropped into a cluster of BoHV-1.1. The REA was applied to the samples to confirm the results of phylogenetic analysis. All of the isolates were identified in the subgroup BoHV-1.1 by REA. These results showed a high mortality risk for imported animals and the possibility for BoHV-1 entering the receiving country via imported animals after transport. This event is a serious problem both for the control of BoHV-1 as well as for animal health and welfare.

Neonatal döneminde en önemli mortalite sebebi olan buzağı ishalleri birçok faktöre bağlı olarak gelişmekte ve büyük ekonomik kayıplara sebep olmaktadır. Türkiye’ de bugüne kadar yapılan epidemiyolojik çalışmalarda, viral etkenlerin yeni doğan buzağılarda önemli oranda neonatal ishal olgularına neden olduğu gösterilmiştir. Bu çalışmada şiddetli ishal ve neonatal ölümlerin görüldüğü buzağılarda çoklu viral enfeksiyonların rolü araştırıldı. Çalışma kapsamında toplanan dışkı örnekleri (n=16) üç farklı hücre hattında (MDBK, HRT-18 ve MA-104) virus izolasyonuna alınmıştır. Tüm örneklere 4 kör pasaj işlemi ve sonrasında IPMA testi uygulandı. Bu süreçte araştırılan enterik virusların (BRV, BCoV, BVDV, BToV) hücre kültüründe izolasyonu yapılamadı. Çalışma kapsamında dışkı örneklerinden PCR ve Ag ELISA testlerinin sonuçlarına göre, ishal semptomu gösteren 16 buzağıdan alınan dışkı örneklerinin 14 (%87,5) adedinde araştırılan enterik virusların en az bir tanesi tespit edildi. Araştırılan olgularda tek BRV enfeksiyonuna rastlanmazken; 2 (%12,5) hayvanda tek BCoV, 2 (%12,5) hayvanda tek BVDV, 2 (% 12,5) hayvanda tek BToV enfeksiyonu saptandı. Diğer yandan 1 (%6,25) hayvanda BRV ve BVDV, 1 (%6,25) hayvanda BCoV ve BToV, 4 (%25) hayvanda BCoV ve BVDV, 1 (%6,25) hayvanda BVDV ve BToV içeren ikili enfeksiyonlar saptandı. 1 (%6,25) hayvanda ise BVDV, BToV ve BCoV olmak üzere enterik virusların oluşturduğu üçlü enfeksiyon saptandı. SDS-PAGE testinde akrilamid jel üzerinde RNA segmentlerinin bant profillerine göre (4/2/3/2) tespit edilen rotavirusun grup A'da yer aldığı gösterildi. Ayrıca çalışmada da PCR testi ile pozitif saptanan rotavirusun, G10P[11] genotipine sahip olduğu, genotip spesifik primerler kullanılarak tespit edildi. Bu araştırmada neonatal buzağı ishallerine sebep olabilen önemli viral etkenler olan BRV, BCoV, BVDV ve BToV’ un aynı işletmede eş zamanlı olarak görülebileceği ve şiddetli hastalık bulguları ve kayıplara neden olabileceği gösterilmiştir.

Neonatal calf diarrhea is mainly associated with group A rotavirus (RVA) and bovine coronavirus (BCoV), continuing to pose a major issue in livestock due to its high prevalence and economic impact. This study aimed to investigate the prevalence, molecular features, and genotype diversity of RVA and BCoV in fecal samples from 213 diarrheic calves under 28 days old, collected across various regions of Türkiye. Using antigen ELISA, RVA was detected in 32.3% ( n = 69), BCoV in 7.9% ( n = 17), and coinfection in 1.8% ( n = 4) of samples. Out of 69 samples that tested positive for RVA, 53 were confirmed using the RT-PCR method, targeting the VP6 gene. The predominant genotype combinations were G10P[11] and G6P[5], whereas G8P[5], G6P[11], and G6P[1] were detected at lower frequencies. The presence of the rarely observed G8P[5] and G6P[1] genotypes in Türkiye indicates the circulation of uncommon strains and underscores the necessity for continued genotyping surveillance. SDS-PAGE analysis showed a typical 4/2/3/2 electrophoretic pattern for Group A rotaviruses. For BCoV, nested RT-PCR targeting the N gene confirmed infection in 13 of 17 ELISA-positive samples. Phylogenetic analysis of three selected samples from three provinces demonstrated that the analyzed BCoV sequences clustered within the genus Betacoronavirus and showed genetic similarity to classical BCoV strains. The findings suggest genetically diverse RVA strains and more conserved BCoV strains are co-circulating in Türkiye. Despite vaccination and biosecurity measures, the ongoing presence of RVA and BCoV in neonatal diarrhea cases highlights the need to reassess control strategies and align vaccine formulations with the molecular profiles of circulating strains.