Hepatitis C virus (HCV) genotype distribution varies across geographic regions and populations and may change over time. This study examined the current distribution and temporal trends of HCV genotypes, and their patterns by demographic characteristics and nationality, at a tertiary care hospital in Istanbul, Türkiye. We retrospectively evaluated 188 patients who underwent HCV genotyping between June 2019 and December 2024. Genotype distribution was assessed according to age, sex, and year, while temporal trends were analyzed using the Cochran–Armitage trend test and binomial logistic regression. GT1b was the predominant subtype (54.8%), followed by GT3 (19.1%), GT1a (10.1%), and GT4 (5.9%); mixed-genotype results were detected in 5.9% of cases. Genotype distribution differed significantly by age group and sex (Monte Carlo p = 0.044 and p = 0.002, respectively), but not by year (p = 0.128). After Holm adjustment, GT1a was more frequent among males, whereas GT1b was more frequent among females. No significant linear temporal trends were observed for GT1a, GT1b, GT3, GT4, or mixed-genotype results. Genotype patterns also varied descriptively across nationality groups. These findings underscore the importance of up-to-date regional data and continued genotype surveillance for monitoring changes in HCV epidemiology.

Acil olaylar ve doğal afet durumlarında etkin bir erken uyarı ve sürveyans sistemi, hızlı tespit ve etkili bir müdahale için son derece önemlidir. Erken uyarı sistemleri, biyolojik, kimyasal, çevresel ve radyolojik tehditlerle mücadelede zamanında veri toplama, risk analizi ve ilgili kurumlara bildirim faaliyetlerini içerir.Erken Uyarı ve Cevap Sistemi (EUCS), sendromik veya biyolojik sürveyansın uygulanması, hazırlıklı olunması, risk haritalarının çıkarılması, risk değerlendirme, risk yönetimi ve ulusal/uluslararası düzeydeki koordinasyonu içerir. EUCS’de verilerin hızlıca toplanıp incelenebilmesi için farklı sürveyans sistemlerinin ulusal ve uluslararası bir sürveyans ağına entegre edilmesi gerekmektedir. Sürveyans sistemleri, bulaşıcı hastalıkların tespitinde ve yayılmadan önce müdahale edilmesinde önemli rol oynar. Entegre sürveyans, mevcut personel kaynağı ve sürveyans kapasitelerinin birleştirilerek daha güçlü, verimli ve maliyet etkin bir hale getirildiği sürveyans sistemidir. Entegre sürveyans sisteminin kurulması ve çok kaynaklı veri paylaşımı ile erken yanıtların hızlıca alınabilmesi, küresel salgın ve doğal afetlerle oluşan halk sağlığı olaylarının kontrolünde çok önemlidir.Laboratuvar sürveyansı, salgın sürveyansı ve erken uyarı ağının önemli bir bileşenidir. Laboratuvarlarda bildirimi zorunlu bulaşıcı hastalıklar için yapılan rutin sürveyans, ulusal sürveyans sisteminin bir parçası olup kritik öneme sahiptir. Laboratuvar sürveyansı, patojenlerin, vektörlerin, rezervuar konakçıların ve toplum bağışıklığının izlenmesini sağlayarak, salgınların erken aşamada tespit edilip doğrulanması, enfeksiyon kaynaklarının izlenmesi ve bulaşma yollarının belirlenmesini kolaylaştırır. In emergencies and natural disasters, an effective early warning and surveillance system is critical for rapid detection and effective response. Early warning systems involve timely data collection, risk analysis, and notification to relevant institutions to combat biological, chemical, environmental, and radiological threats.The Early Warning and Response System (EUCS) includes the application of syndromic or biological surveillance, preparedness, the creation of risk maps, risk assessment, risk management, and coordination at national and international levels. For quick data collection and analysis within EUCS, different surveillance systems need to be integrated into a national and international surveillance network. Surveillance systems play a significant role in identifying infectious diseases and intervening before they spread. Integrated surveillance is a system in which existing personnel resources and surveillance capacities are combined to make it stronger, more efficient, and cost-effective. Establishing an integrated surveillance system and enabling quick responses through multi-source data sharing are crucial for controlling public health events arising from global epidemics and natural disasters.Laboratory surveillance is an important component of epidemic surveillance and the early warning network. Routine surveillance of notifiable infectious diseases in laboratories is a part of the national surveillance system and holds critical importance. Laboratory surveillance facilitates the monitoring of pathogens, vectors, reservoir hosts, and community immunity, enabling the early detection and verification of outbreaks, tracing infection sources, and determining transmission routes.

Genel Tanım, Afet Türleri ve Evreleri Kamil KOÇAK Hatice ŞİMŞEK KESKİN Afet ve Salgınların Sağlık Hizmeti Veren Kurumlara ve Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarlarına Etkileri Seyfi DURMAZ Mestan EMEK Risk Değerlendirme Yavuz DOĞAN Laboratuvar Tasarımı ve Biyogüvenlik Cemile SÖNMEZ Laboratuvar İçi Atık Yönetimi Nevgün SEPİN ÖZEN Laboratuvar İçi Dezenfeksiyon / Sterilizasyon Yönetimi Berfu TUFANA Aydan ÖZKÜTÜK Biyoemniyet Cemile SÖNMEZ Afet Eylem Planı Oluşturulma Süreci Fahri Yüce AYHAN Tuba Kula ATİK Berrin UZUN Yelda SORGUÇ Örnek, Personel, Cihaz ve Kaynak Yönetimi Taylan BOZOK Yusuf GÖRGÜLÜ Gönül ASLAN Hızlı Tanı Testleri Elif Seren TANRIVERDİ Barış OTLU Tanıl KOCAGÖZ Erken Uyarı Sistemi ve Sendromik Sürveyansla Mikrobiyoloji Laboratuvarının İlişkilendirilmesi (Bilgi Alma ve Bildirim) Leyla GENÇ Elif AKTAŞ İyileşme Döneminde Mikrobiyoloji Laboratuvarının Yeri Yeliz TANRIVERDİ ÇAYCI Gönül ASLAN Mobil ve Sahra Laboratuvarlarının Kurulması ve Sürdürülebilirliği Selçuk KILIÇ Burcu GÜRER GİRAY Meral TURAN Afetlerin Su Kaynaklarına Etkileri ve Su Kaynaklı Salgınlar Umut BERBEROĞLU Ahmet AKTAŞ Bakteriyel Etkenler Neşe İNAL Yeşim BEŞLİ Banu SANCAK Viral Etkenler Melike YAŞAR DUMAN Candan ÇİÇEK Paraziter Etkenler Özlem ULUSAN BAĞCI Metin KORKMAZ Bakteriyel Etkenler Server YAĞCI Yasemin AY ALTINTOP Esma SAATÇI Viral Etkenler Ayşe ARSLAN Candan ÇİÇEK Bakteriyel Etkenler Özlem ULUSAN BAĞCI Yeşim TUYJİ TOK Pınar SAĞIROĞLU Şöhret AYDEMİR Viral Etkenler Mehmet SOYLU Candan ÇİÇEK Paraziter Etkenler Özlem ULUSAN BAĞCI Fadile YILDIZ ZEYREK Metin KORKMAZ Clostridium tetani ve Clostridium perfringens Elvan SAYIN Hastane Enfeksiyonu Etkenleri İlke TOKER ÖNDER Özgen ESER Diğer Bakteriyel Etkenler Erkan SANMAK Sebahat AKSARAY Mantar Enfeksiyonları İlvana ÇAKLOVİCA KÜÇÜKKAYA Ayşe KALKANCI Dilek Yeşim METİN Biyolojik Savaş Ajanları ve Biyoterörizm Selçuk KILIÇ Ahmet ARSLANTÜRK

Carbapenem resistance driven by carbapenemase production in Gram-negative bacteria is a global threat. Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii (CRAb) is a critical priority pathogen listed by the World Health Organization (WHO). While bla _OXA-23 and bla _{OXA-24/40-like} are most frequently reported in CRAb, an increasing prevalence of bla _NDM has been noted in recent years. This study aimed to investigate the distribution of carbapenemase genes among CRAb isolates obtained from three tertiary care centres in Türkiye. A total of 336 CRAb isolates recovered from various clinical specimens (blood, respiratory samples, wound/tissue swabs, urine, and catheter tip samples) between January 2023 and October 2024 were included (Centre-1:198; Centre-2:86; Centre-3:52). Antimicrobial susceptibility testing was performed using the VITEK2 or BD Phoenix system, with additional tests carried out using the disc diffusion or broth microdilution methods. The results were interpreted in accordance with EUCAST criteria. The presence of bla _OXA-51 , bla _OXA-23 , bla _{OXA-24/40-like} , bla _OXA-58 , bla _VIM , bla _IMP , bla _NDM and bla _KPC was tested by qPCR. The clonal relationship among the isolates producing metallo-β-lactamase (MBL) was assessed using AP-PCR and PFGE methods. Our study detected bla _OXA-23 in 305 isolates (90.8%), bla _{OXA-24/40-like} in 88 (26.2%), bla _NDM in 21 (6.3%), and bla _VIM in one isolate. However, bla _OXA-58 , bla _IMP and bla _KPC were not detected. Dual gene combinations were observed in 73 isolates, while triple combinations were identified in three isolates (two bla _NDM / bla _OXA-23 / bla _{OXA-24/40-like} , one bla _VIM /bla _OXA-23 / bla _{OXA-24/40-like} ). AP-PCR/PFGE demonstrated a clonal relationship among 18 isolates, all originating from a single intensive care unit at Centre-1. Because carbapenem resistance is endemic in this unit, the cluster was indistinguishable from the background resistant population and was detected only retrospectively by molecular typing; we therefore describe it as a silent outbreak. In this study bla _OXA-23 and bla _{OXA-24/40-like} were the predominant carbapenemase genes in CRAb, with bla _NDM detected at a notable frequency. The detection of combined gene profiles and inter-centre differences highlight the potential impact of local antibiotic use and infection control practices on the dissemination of resistance, and the clonal cluster identified here shows that such dissemination can go unrecognised in endemic settings.