Counting labeled cells, after immunofluorescence or expression of a genetically fluorescent reporter protein, is frequently used to quantify viral infection. However, this can be very tedious without a high content screening apparatus. For this reason, we have developed QuantIF, an ImageJ macro that automatically determines the total number of cells and the number of labeled cells from two images of the same field, using DAPI- and specific-stainings, respectively. QuantIF can automatically analyze hundreds of images, taking approximately one second for each field. It is freely available as ^{supplementary data} online at MDPI.com and has been developed using ImageJ, a free image processing program that can run on any computer with a Java virtual machine, which is distributed for Windows, Mac, and Linux. It is routinely used in our labs to quantify viral infections in vitro, but can easily be used for other applications that require quantification of labeled cells.

Reactivation of BK polyomavirus (BKPyV) infection is frequently increasing in transplant recipients treated with potent immunosuppressants and highlights the importance of immune system components in controlling viral reactivation. However, the immune response to BKPyV in general and the role of antiviral cytokines in infection control in particular are poorly understood. Here, we investigated the efficacy of interferons (IFN) alpha, lambda and gamma with regard to the BKPyV multiplication in Vero cells. Treatment with IFN-gamma inhibited the expression of the viral protein VP1 in a dose-dependent manner and decreased the expression of early and late viral transcripts. Viral inhibition by IFN-gamma was confirmed in human cells (Caki-1 cells and renal proximal tubular epithelial cells). One of the IFN-stimulated genes most strongly induced by IFN-gamma was the coding for the enzyme indoleamine 2,3 dioxygenase (IDO), which is known to limit viral replication and regulates the host immune system. The antiviral activity induced by IFN-gamma could be reversed by the addition of an IDO inhibitor, indicating that IDO has a specific role in anti-BKPyV activity. A better understanding of the action mechanism of these IFN-gamma-induced antiviral proteins might facilitate the development of novel therapeutic strategies.

Le polyomavirus BK (BKPyV) est un polyomavirus humains infectant plus de 90 % de la population et généralement de manière asymptomatique pendant l'enfance. Bien que le BKPyV induise une réponse cellulaires T CD4 et CD8 spécifiques au virus et des anticorps neutralisants le virus persiste de manière latente dans les reins. Cependant, l'excrétion asymptomatique du virus dans l'urine chez les personnes immunocompétentes en bonne santé montre que le virus échappe régulièrement au contrôle immunitaire. Chez les patients immunodéprimés, la réplication du BKPyV augmente, évoluant vers une cystite hémorragique et une néphropathie chez 5-25 % et 1-15 % des receveurs d'une greffe de moelle osseuse allogénique et d'une greffe de rein, respectivement, et même vers un cancer urothélial. En l'absence d'agents antiviraux et de vaccins spécifiques, la réduction del'immunosuppression est le pilier actuel de la thérapie afin de reprendre le contrôle de la réplication du BKPyV. Cependant, cette manoeuvre augmente le risque de lésions immunologiques telles que le rejet d'allogreffe ou la maladie du greffon contre l'hôte. Il est donc important de décrire plus précisément la réponse immunitaire et notamment le rôle des cytokines dans le contrôle de l'infection. Dans cette étude, nous avons observé que le traitement par l'IFN-g inhibait l'expression de la protéine virale VP1de manière dose-dépendante et diminuait l'expression des transcriptions virales précoces et tardives. L'inhibition par l'IFN-g a été confirmée dans des types de cellules humaines, Caki-1 et des cellules épithéliales des tubules rénaux proximaux. Parmi les gènes stimulés par l'IFN (ISGs) et fortement induits par l'IFN-g, nous avons démontré le rôle antiviral de l'indoléamine-2,3-dioxygénase (IDO). Cette dernière est une protéine intéressante car elle limite la réplication virale et régule le système immunitaire de l'hôte. L'activité antivirale induite par l'IFN-g peut être inversée par l'ajout d'un inhibiteur de l'IDO, ce qui indique un rôle spécifique de l'IDO dans l'activité anti-BKPyV. La compréhension du mécanisme d'action de ces protéines antivirales induites par l'IFN-g pourrait aider à développer une stratégie thérapeutique