The global poultry industry, as a leading producer of animal protein, faces significant challenges related to animal health and production due to high bird density and disease risks. A major concern is the Avian Respiratory Complex (ARC), a multifactorial health issue involving pathogens such as avian metapneumovirus (aMPV), an often-underdiagnosed component of the ARC. Wild birds are seen as reservoirs and spreaders of the virus. This study aimed to detect the presence and subtypes of aMPV in samples from breeders, broilers, laying hens, and wild birds in Colombia. A total of 273 samples, including swabs from the upper respiratory and reproductive tracts, were collected from commercial poultry and wild birds. Using nested RT-PCR targeting the G gene, aMPV subtype B was identified in 23 samples (8.42%). Sequencing revealed high genetic similarity to vaccine strains, classifying all viruses as vaccine-like. In the commercial birds, aMPV-B appeared in 21 samples, regardless of symptoms, often in tests for other ARC agents, indicating diagnostic bias. In the wild birds, two samples tested positive, suggesting potential transmission between wild and domestic birds. These findings highlight the need for broader diagnostics and further research into aMPV’s impact on avian health.

Infectious Bronchitis (IB) is a respiratory disease caused by a highly variable Gammacoronavirus, which generates a negative impact on poultry health worldwide. GI-11 and GI-16 lineages have been identified in South America based on Infectious Bronchitis virus (IBV) partial S1 sequences. However, full genome sequence information is limited. In this study we report, for the first time, the whole-genome sequence of IBV from Colombia. Seven IBV isolates obtained during 2012 and 2013 from farms with respiratory disease compatible with IB were selected and the complete genome sequence was obtained by NGS. According to S1 sequence phylogenetic analysis, six isolates belong to lineage GI-1 and one to lineage GVI-1. When whole genome was analyzed, five isolates were related to the vaccine strain Ma5 2016 and two showed mosaic genomes. Results from complete S1 sequence analysis provides further support for the hypothesis that GVI-1, considered a geographically confined lineage in Asia, could have originated in Colombia. Complete genome information reported in this research allow a deeper understanding of the phylogenetic evolution of variants and the recombination events between strains that are circulating worldwide, contributing to the knowledge of coronavirus in Latin America and the world.

El virus de la enfermedad de Gumboro (IBDV) es un avibirnavirus con genoma dsARN que presenta altas tasas de mutación y recombinación. A pesar del efecto inmunosupresor en aves y la frecuencia con que ocurre la infección por este agente en el país son pocos los estudios que caracterizan los cuadros clínicos y se desconoce cuáles son los genogrupos circulantes. Esta investigación tuvo como objetivo determinar la frecuencia de lesiones histopatológicas en órganos del sistema inmune e identificar los genogrupos del IBDV en aves comerciales de Colombia. Para determinar la frecuencia de presentación de lesiones en órganos del sistema inmune se analizaron 381 casos clínicos de las bases de datos del Laboratorio de Patología Aviar (LPA) de la Universidad Nacional de Colombia, sede Bogotá (periodo 2016-2018). Asimismo, se secuenciaron los productos de RT-PCR del gen que codifica para la proteína viral VP2 provenientes de 35 muestras de bursas de Fabricio. Como resultado se encontró evidencia de lesiones microscópicas compatibles con procesos de inmunodepresión en órganos del sistema inmune (bursa de Fabricio, timo, bazo y médula ósea) en el 25 % (97) de los casos analizados y se identificaron los genogrupos 1, 2 y 4 en la siguiente proporción: genogrupo 1-69 % (virus clásicos), genogrupo 2-25 % (variantes) y genogrupo 4-6 % (identificado en Suramérica). Estos hallazgos demuestran la presencia de lesiones en órganos del sistema inmune y la existencia de los genogrupos 1, 2 y 3 del IBDV circulando en aves comerciales en Colombia. Esta es la primera investigación en el país con este sistema de clasificación que permite evidenciar con mayor precisión los cambios en el genoma del IBDV. Lo anterior señala la necesidad de continuar con este tipo de estudios para tener una mejor comprensión de la infección en campo y orientar el diseño e implementación de estrategias de control.