Respiratory syncytial virus (RSV) and rhinovirus (RV) are major causes of acute respiratory infections (ARIs) worldwide. The circulation of both RSV and RV was notably altered during the COVID-19 pandemic. This study analyzed the epidemiological and molecular characteristics of RSV and RV in Santander, Colombia, during the pandemic period (PP, 2020–2021) and the post-pandemic period (PPP, 2023–2024). A total of 921 respiratory samples from patients with ARIs were screened for RSV-A/B and RV. Sequences of the RSV attachment glycoprotein (G) gene and the RV VP4–VP2 region were analyzed in positive samples. Epidemiological and clinical characteristics of the study population were also assessed. RSV was not detected during PP, whereas RV was detected in 4.8% of samples. During PPP, RSV-A, RSV-B, and RV were detected in 5.6%, 4.4%, and 28.0% of samples, respectively. RSV infections were mainly identified in children, while RV was detected across all age groups. RSV-A sequences grouped within seven A.D-derived lineages (A.D.1.5, A.D.1.7, A.D.1.8, A.D.3.2, A.D.3.3, A.D.5.1, A.D.5.2), whereas RSV-B sequences clustered within the B.D.E.1 lineage. RV showed a higher number of detected genotypes during the PPP than during the PP. The genotypic characterization performed in this study provides new insight into the molecular epidemiology of RSV and RV in Santander, Colombia, during PP and PPP, and represents, to our knowledge, the first regional description of RSV lineages and RV genotypes across these periods.

Introducción: Las infecciones respiratorias agudas (IRA) causadas por virus respiratorios constituyen una fuente importante de morbilidad y mortalidad en el mundo. Nos propusimos determinar la prevalencia de virus respiratorios en pacientes con sospecha de infección por SARS-CoV-2 y explorar la asociación entre coinfección de SARS-CoV-2 con otros virus respiratorios con la gravedad de la enfermedad respiratoria aguda. Métodos: Estudio de corte transversal, se analizaron hisopados de pacientes con síntomas sugestivos de COVID-19 en Santander, Colombia. Se seleccionaron muestras positivas y negativas para SARS-CoV-2 mediante un muestreo probabilístico proporcional. La detección de 15 virus se realizó mediante RT-qPCR en hisopados almacenados a -80°C. Se tomaron datos clínicos y epidemiológicos de las fichas epidemiológicas remitidas junto con la muestra respiratoria, para establecer la condición de gravedad (hospitalización o muerte por IRA). Resultados: Se incluyeron 600 hisopados colectados entre abril del 2020 y noviembre del 2021. La mediana de edad de los pacientes fue 55,0 años [RIC: 34,0] y el 58,5% fueron hombres. La prevalencia de rinovirus y adenovirus C fue de 4,7% y 0,3%, respectivamente. La prevalencia de coinfección de SARS-CoV-2 con rinovirus y adenovirus C fue de 3,3% (IC95%: 1,7-5,5) y 0,3% (IC95%: 0,0-1,4), respectivamente. Al momento de la toma de muestras, el 30,2 % correspondía a pacientes ambulatorios, el 59,8 % a pacientes hospitalizados y el 10,0 % a casos fatales. Se observó una diferencia en el reporte de comorbilidades entre los casos y controles (61,0 % vs. 46,5 %; p = 0,012). No se encontró asociación entre coinfección y la gravedad de la enfermedad (OR: 1,01; IC95%: 0,33 - 3,10), ajustando por edad, sexo, seguridad social y comorbilidades. Conclusiones: Durante el periodo epidémico la circulación de otros virus respiratorios fue baja. No observamos una asociación entre coinfección y gravedad de la enfermedad en las muestras evaluadas.