Anemia merupakan keadaan kadar sel darah merah dalam darah yang rendah dan sering dialami oleh remaja putri akibat menstruasi serta kebutuhan gizi tinggi selama masa pertumbuhan. Di wilayah kerja Puskesmas Loa Bakung, Samarinda, kasus anemia tertinggi tahun 2023 ditemukan pada siswi SMP Negeri 16 Samarinda, dengan prevalensi 25% dari 190 kasus. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengevaluasi hubungan asupan zat besi, protein, serta kebiasaan melewatkan makan dengan kejadian anemia pada remaja putri di SMP Negeri 16 Samarinda. Penelitian ini menggunakan desain cross-sectional. Sebanyak 72 responden dipilih melalui teknik purposive sampling. Data dikumpulkan melalui pemeriksaan hemoglobin (Hb), wawancara dengan kuesioner SQ-FFQ, dan kuesioner kebiasaan makan. Sebanyak 37 (51,4%) siswi mengalami anemia, 56 (77,8%) siswi mengonsumsi asupan protein cukup, dan 67 (93,1%) kekurangan asupan zat besi harian. Sebanyak 55 (76,4%) siswi tidak terbiasa sarapan. Analisis statistik menunjukkan adanya hubungan antara asupan zat besi (p=0,023), protein (p=0,010), dan kebiasaan melewatkan sarapan (p=0,038) dengan kejadian anemia, namun tidak ditemukan hubungan antara kebiasaan melewatkan makan siang (p=0,207) dan makan malam (p=0,658) dengan anemia. Diperlukan peningkatan kesadaran remaja putri mengenai pentingnya sarapan dan konsumsi makanan bergizi, khususnya yang mengandung zat besi dan protein, untuk mencegah anemia dan menunjang kesehatan selama masa pertumbuhan.