Chronic kidney disease (CKD) remains one of the major common health problems, and the number of people affected by the disease is progressively increasing in Turkey and worldwide. This study aimed to investigate molecular defects in Alport syndrome (AS) and other genes in patients with clinically suspected CKD using whole-exome sequencing (WES). Patients with clinical suspicion of CKD were included in the study. Molecular genetic analyses were performed on genomic DNA by using WES. A total of 15 with 5 different pathogenic or likely pathogenic variants were identified in CKD patients, with a diagnostic rate of 30%. Eight variants of uncertain significance were also detected. In this study, 10 variants were described for the first time. As a result, we detected variants associated with CKD in our study population and found AS as the most common CKD after other related kidney diseases. Our results suggest that in heterogeneous diseases such as CKD, WES analysis enables accurate identification of underlying molecular defects promptly. Although CKD accounts for 10–14% of all renal dysfunction, molecular genetic diagnosis is necessary for optimal long-term treatment, prognosis, and effective genetic counseling.

Introduction: Alport syndrome (AS) is an inherited, rare, progressive kidney disease that affects the eye and ear physiology. Pathogenic variants of COL4A5 account for 85% of all cases, while COL4A3 and COL4A4 account for the remaining 15%. Methods: Targeted next-generation sequencing of the COL4A3, COL4A4, and COL4A5 genes was performed in 125 Turkish patients with AS. The patients were compared to 45 controls and open-access population data. Results: The incidence of AS variants in patients was found as 21.6%. 27 variants were identified as pathogenic/likely pathogenic, 28 as variant of uncertain significance, and 52 as benign/likely benign. We also found 31 novel variants (14 in COL4A3, 6 in COL4A4, and 11 in COL4A5) of which 27 were classified as pathogenic/likely pathogenic. Pathogenic/likely Pathogenic variants were most commonly found in the COL4A5 gene, consistent with the literature. This study contributed novel variants associated with AS to the literature. Conclusion: Genetic testing is a crucial part for the diagnosis and management of AS. Studies on the genetic etiology of AS are limited for the Turkish population. We believe that this study will contribute to the literature and the clinical decision-making process of patients with AS and emphasize the importance of genetic counseling.

Inherited retinal diseases (IRDs) constitute a heterogeneous group of clinically and genetically diverse conditions, standing as a primary cause of visual impairment among individuals aged 15–45, with an estimated incidence of 1:2000. Our study aimed to comprehensively evaluate the genetic variants underlying IRDs in the Turkish population. This study included 50 unrelated Turkish IRD patients and their families. Genomic DNA was extracted from each participant, and candidate variants were identified via next‐generation sequencing to determine their pathogenicity. We detected variants in 58% of the patients, of which six novel variants were identified. Among these, 16 cases exhibited variants associated with retinitis pigmentosa and Stargardt disease, while 13 presented variants linked to other retinal diseases. The spectrum of identified variants included 21 homozygous cases and five compound heterozygous variants, both indicative of autosomal recessive inheritance. Three cases revealed heterozygous variants suggestive of autosomal dominant inheritance, and two cases featured hemizygous variants suggestive of X‐linked inheritance. Importantly, no matches with copy number variants were detected in our analysis. This study comprehensively portrays clinical and genetic profiles within the Turkish population affected by IRDs. Identifying novel variants and delineating inheritance patterns contribute to a deeper understanding of the genetic diagnosis of IRDs, paving the way for more precise diagnostic and therapeutic interventions.

Amaç: Yaygın görülen bir tek gen hastalığı olan Alfa talasemi, α-globin zincirinin kusurlu sentezi ile ortaya çıkar. Globin genlerindeki bozukluklara bağlı olarak çok geniş bir klinik spektruma yayılan bu hastalıkta çok sayıda belirlenmemiş taşıyıcı olduğu düşünülmektedir. Klinik semptomu olmayan sessiz taşıyıcılardan, rahim içinde ölüme yol açan şiddetli anemi ile kendini gösteren, çok değişken bulgulara sahip genetik bir hastalıktır. Bu çalışmada bu amaçla alfa globin gen mutasyonu sıklığının ve tiplerinin bulunması ve varyasyon saptanan bireylerdeki fenotipik etkiyi görmek amaçlandı. Gereç ve Yöntemler: HBA1 ve HBA2 genlerindeki intron bölgelerini çevreleyen tüm kodlama bölgesi sanger dizileme ile tespit edildi. Delesyonlar ve duplikasyonlar multipleks ligasyona bağımlı prob amplifikasyonu (MLPA) ile mutasyonlar tespit edildi. Bulgular: Bölgemizde en sık rastlanan mutasyon tipi olan -3,7 / (%23,18), 3.7 kb’lık delesyon çalışmamızda da en sık olarak görülürken, diğer mutasyonların dağılımı ise --3,7 (%6,82), -3,7/-- MED (%0,91), --MED (%6,82), --20,5 (3,15), --SEA (%1,36), -4,2 (%0,95), triplikasyon (%0,45) ve nükleotid değişimleri (%4,55) olarak tespit edilmiştir. Sonuç: Mevcut bilgiler ışığında genotipin fenotipe yansımasının da farklılıklar olması nedeniyle taşıyıcı bireylerin tesbit edilmesi ve genotip fenotip ilişkisinin netleştirilmesi açısından daha geniş popülasyon taramasına ihtiyaç duyulmaktadır. Toplumu alfa talasemi ve ağır klinik seyreden genetik hastalıklar hakkında bilinçlendirmek için taşıyıcı bireylere genetik danışmanlık verilmesi ve genetik çalışmalara ağırlık verilmesi bir gerekliliktir.

Amaç: Bu çalışmanın amacı, hastanemize tekrarlayan gebelik kaybı nedeniyle başvuran çiftlere uygun genetik danışmanlık verebilmek için hem majör kromozom anomalilerinin hem de trombofili parametrelerinin etiyolojideki rolünü araştırmaktır. Gereç ve Yöntemler: Çalışmamıza tekrarlayan gebelik kaybı nedeniyle Başakşehir Çam ve Sakura Şehir Hastanesi Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi'ne başvuran toplam 306 çift dâhil edildi. Tüm hastalarda kromozom analizleri ve 306 bayanda trombofili parametrelerinin analizleri gerçekleştirildi. Bulgular: Çalışmamızda toplam 306 çiftin 13’ünde (%4,25) polimorfizm dışında kalan kromozomal anomaliler tespit edildi. 4 hastada robertsonian translokasyon, 3 hastada resiprokal traslokasyon, 4 hastada mozaik kromozom kuruluşu, 1 hastada yapısal kromozal dengesizlik (derivatif kromozom) ve 1 hastada sayısal kromozal anomali varlığı tespit edilmiştir. Geriye kalan 293 çiftin kromozom analizi normaldi. Çalışmamızda trombofili parametreleri analiz edilen 306 bayan olgunun yaklaşık %10’unda Faktör V Leiden varyantı saptanırken, Faktör II G20210A varyantı ise yaklaşık %3,5 oranında saptanmıştır. 3 hastada (%1) Faktör V Leiden varyantı homozigot, 27 hastada ise Faktör V Leiden varyantı (%8,8) heterozigot olarak saptanmıştır. 10 hastanın (%3,3) Faktör II G20210A varyantını heterozigot olarak taşıdıkları saptanmıştır. Faktör II G20210A varyantını homozigot olarak taşıtan bir hasta çalışmamızda saptanmamıştır. Sonuç: Mevcut bilgiler ve geçmişteki literatür çalışmaları eşliğinde tekrarlayan gebelik kaybı nedeniyle değerlendirilen çiftlerde etiyolojiyi aydınlatmak için kromozom analizi ve trombofili parametrelerinin değerlendirilmesini ve bu parametrelerde ilişkili olduğu düşünülen bir neden saptandığında tedavi imkanları bulunduğundan dolayı özellikle yardımcı üreme tekniklerinden önce bu analizlerin yapılmasını önermekteyiz.