We report the emergence of a novel lineage of SARS-CoV-2 in South America, termed C.37. It presents seven nonsynonymous mutations in the Spike gene (Δ247-253, G75V, T76I, L452Q, F490S, T859N) and a deletion in the ORF1a gene (Δ3675-3677) also found in variants of concern (VOCs) Alpha, Beta, and Gamma. Initially reported in Lima, Peru, in late December 2020, it now accounts for 97% of Peruvian public genomes in April 2021. It is expanding in Chile and Argentina, and there is evidence of onward transmission in Colombia, Ecuador, Mexico, the USA, Germany, and Israel. On June 15, 2021, the World Health Organization designated C.37 as Variant of Interest (VOI) Lambda.

Se caracterizó la resistencia antimicrobiana de 70 aislados de Escherichia coli obtenidos de pacientes con infección del tracto urinario (ITU) provenientes de ocho hospitales públicos en el Perú. Los perfiles de resistencia fueron identificados mediante el uso del sistema automatizado MicroScan®. Se utilizó una reacción en cadena de la polimerasa convencional para la detección de los genes blaTEM, blaCTX-M, blaSHV y blaPER. El 65,7% (46/70) de los aislados presentó un fenotipo multidrogorresistente y el 55,7% (39/70) fue identificado como productores de betalactamasas de espectro extendido. Se detectaron altos niveles de resistencia para ampicilina (77,1%), ciprofloxacina (74,3%), trimetoprim/sulfametoxazol (62,9%), cefepime (57,1%) y cefuroxima (57,1%). El gen blaTEM fue el más frecuente con un 31,4%, seguido por blaCTX-M (18,6%) y blaSHV (2,9%). Los resultados evidencian altos niveles de resistencia a antimicrobianos de importancia clínica en aislados de E. coli de pacientes con ITU en el Perú.

Introducción. La aparición de enterobacterias multirresistentes y productoras de betalactamasas de espectro extendido en pacientes ambulatorios con infecciones urinarias representa un problema de salud pública en Perú.Objetivo. Comparar los perfiles de resistencia de Escherichia coli uropatógenas e identificar los fenotipos de cepas productoras de betalactamasas de espectro extendido en tres establecimientos privados de salud localizados en las regiones de la costa, la sierra y la selva de Perú.Materiales y métodos. Se llevó a cabo durante el 2016 un estudio descriptivo de 98 muestras de orina de pacientes con infección urinaria, 35 procedentes de Lima (costa), 38 de Juliaca (sierra) y 25 de Iquitos (selva), en el que se determinó la sensibilidad antimicrobiana utilizando ocho discos antibióticos.Asimismo, se evaluó la producción de betalactamasas de espectro extendido con discos de cefotaxima, de ceftazidima o de su combinación, con ácido clavulánico en agar Mueller-Hinton.Resultados. Se identificaron 18 perfiles de resistencia que incluían desde los sensibles a todos los antibióticos hasta los resistentes simultáneamente a siete antibióticos, con el 18,4 % de aislamientos resistentes a un antibiótico y el 54,0 % de multirresistentes. Se detectó producción de betalactamasas en el 28,6 % de las cepas procedentes de la región de Puno. También, se observó un mayor número de casos en el rango de edad de 31 a 45 años con resistencia a ceftazidima, ceftriaxona, gentamicina y trimetoprim-sulfametoxazol en el establecimiento de salud de Puno.Conclusión. Los perfiles de resistencia variaron según la localización geográfica del establecimiento de salud.

Objective. To genetically characterize clinical isolates of uropathogenic Escherichia coli (UPEC) from hospitals in Peru and contextualize them against 127 additional UPEC genomes reported in six Latin American countries between 2018 and 2023. Materials and methods. The genomes of 16 Peruvian UPEC isolates were sequenced, assembled and supplemented with 127 genomes available in the NCBI public database. Serotypes, sequence types (STs), antimicrobial resistance (AMR) genes, and resistance-associated mutations were identified. A phylogenetic analysis was also conducted in order to determine evolutionary relations and distribution in phylogroups. Results. The ST131 cone was the most prevalent (42.7%), followed by ST1193 (13.3%). Phylogroup B2 was widely predominant (83.2%), with serotype O25:H4 standing out. The resistance genes blaTEM-1, blaCTX-M-15, and blaCTX-M-27 were identified with high frequency, as well as mutations in gyrA and parC associated with fluoroquinolone resistance, especially in the ST131 clone. Conclusion. Our findings show high circulation of high-risk UPEC clones, such as ST131 and ST1193, in Latin America, along with a notable burden of genes and mutations linked to multidrug resistance, highlighting the need to strengthen regional genomic surveillance.

Con el objetivo de determinar la presencia de enterobacterias productoras de betalactamasas (bla) en muestras de efluentes hospitalarios, se realizó un estudio en dos hospitales de nivel II y III de Lima, Perú. Se identificó y caracterizó el perfil de resistencia de las bacterias aisladas mediante el sistema MicroScan para 18 antimicrobianos, y mediante PCR convencional se determinó la presencia de los genes de resistencia a betalactamasas de espectro de extendido (BLEE) (blaCTX-M, blaSHV, blaTEM, blaPER) y carbapenemasas (blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP). Se identificó 32 aislados (20 enterobacterias y 12 bacterias gramnegativas). Todas las bacterias aisladas presentaron multirresistencia. Se halló la presencia de genes BLEE (blaTEM) y carbapenemasas (blaKPC e blaIMP) en los hospitales evaluados. La liberación de estos microorganismos a la vía pública y la falta de tratamiento de los efluentes hospitalarios podría ser un importante problema de salud pública.

Objetivos. Estandarizar la técnica de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-PCR) múltiple para la detección de virus influenza A, B y tipificación de subtipos A (H1N1) pdm09, A (H3N2) en muestras clínicas. Materiales y métodos. Se analizaron 300 muestras de hisopado nasofaríngeo. Esta metodología fue estandarizada en dos pasos: la primera reacción detectó el gen de la matriz del virus de influenza A, gen de la nucleoproteína del virus influenza B y el gen GAPDH de las células huésped. La segunda reacción detectó el gen de la hemaglutinina de los subtipos A (H1N1) pandémico (pdm09) y A (H3N2). Resultados. Se identificaron 109 muestras positivas a influenza A y B, de las cuales 72 fueron positivas a influenza A (36 positivas a influenza A (H1N1) pdm09 y 36 positivos a influenza A (H3N2)) y 37 muestras positivas a influenza B. 191 fueron negativas a ambos virus mediante RT-PCR en tiempo real multiplex. Se encontró una sensibilidad y especificidad del 100% al analizar los resultados de ambas reacciones. El límite de detección viral fue del rango de 7 a 9 copias/μL por virus. Los resultados no mostraron ninguna reacción cruzada con otros virus tales como adenovirus, virus sincitial respiratorio, parainfluenza (1,2 y 3), metapneumovirus, subtipos A (H1N1) estacional, A (H5N2) y VIH. Conclusiones. La RT-PCR múltiple demostró ser una prueba muy sensible y específica para la detección de virus influenza A, B y subtipos A (H1N1, H3N2) y su uso puede ser conveniente en brotes estacionales.