Luis Ramiro Caso Vargas

Dr. Luis Ramiro Caso Vargas

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11 September 2026 in Molecules
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RTRebeca Astorga Trejo
Rebeca Astorga Trejo
LVLuis Ramiro Caso Vargas
Luis Ramiro Caso Vargas
EREfraín Rubio
Efraín Rubio
LALeslie Susana Arcila-Lozano
Leslie Susana Arcila-Lozano
MAMARIA GUADALUPE AGUILAR-USCANGA
MARIA GUADALUPE AGUILAR-USCANGA
CCClaudia Castro-Martinez
Claudia Castro-Martinez
Efficient pretreatment is essential for overcoming lignocellulosic biomass recalcitrance and enabling its use in biotechnological processes. In this study, corncob, an agricultural by-product rich in cellulose and hemicellulose, was subjected to acid pretreatment to remove hemicellulose and subsequently delignified using two deep eutectic solvent (DES) systems: choline chloride:urea and choline chloride:glycerol. The effect of temperature and reaction time was evaluated for both systems; ChCl:U was selected for optimization due to its superior lignin removal performance under the conditions evaluated. Temperature, time, and solid–liquid ratio (SLR) were optimized using a Box–Behnken design to maximize lignin removal. Under optimal conditions (113 °C, 5.7 h, 1:16.2 g/mL), 59.086% lignin removal was achieved. Temperature and reaction time significantly influenced delignification, whereas the solid–liquid ratio had a minimal effect. Structural changes in biomass throughout the process were characterized by compositional analysis, Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR), and scanning electron microscopy (SEM), confirming effective delignification. To the best of our knowledge, there are few studies that comprehensively characterize DES-treated corncob using FTIR and SEM analysis. These findings demonstrate that choline chloride:urea has potential as a sustainable and effective pretreatment system for lignocellulosic biorefineries based on agricultural residues.

2 March 2023 in RD-ICUAP
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DRDavid Israel Ríos-Vázquez
David Israel Ríos-Vázquez
ACAlejandro Carabarín-Lima
Alejandro Carabarín-Lima
MGMaría Cristina González_Vazquez
María Cristina González_Vazquez
AMAbigaíl Martínez-Torres
Abigaíl Martínez-Torres
LVLuis Ramiro Caso Vargas
Luis Ramiro Caso Vargas
NRNorma Elena Rojas-Ruíz
Norma Elena Rojas-Ruíz
Los microorganismos representan una de las formas de vida más antiguas en el planeta, algunos de ellos pueden crecer en condiciones ambientales extremas que no permitirían el desarrollo de otros organismos, por ejemplo pueden ser resistentes a luz ultravioleta, a temperaturas cercanas al punto de ebullición o a bajo del punto de congelación del agua, pueden desarrollarse a alturas muy considerables o en la profundidad del océano, en presencia de compuestos nocivos, como metales pesados, gases tóxicos, pH muy ácido o básico e incluso a una alta concentración de sal, debido a esta versatilidad para poder crecer y reproducirse en ambientes extremos son formas de vida interesantes. El parque Nacional de Yellowstone es un ambiente hipertermal en el que se desarrollan diversos microorganismos, un ejemplo es la bacteria Thermus aquaticus, la cual fue aislada partir de muestras de este ambiente y su enzima ADN polimerasa es empleada en la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). En el presente artículo se mencionan ejemplos de microorganismos que son capaces de vivir a altas temperaturas y sus aplicaciones en el ámbito de la Biotecnología.

1 December 2025 in Revista Colombiana de Biotecnología
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JRJuan Bautista Romero
Juan Bautista Romero
NZNicolás Amaya Zambrano
Nicolás Amaya Zambrano
ATAbigail Martínez Torres
Abigail Martínez Torres
LVLuis Ramiro Caso Vargas
Luis Ramiro Caso Vargas
CCCandelario Vázquez Cruz
Candelario Vázquez Cruz
NRNorma Elena Rojas Ruiz
Norma Elena Rojas Ruiz
Prokaryotes were the first living forms to exist on Earth 3.5 billion years ago and are believed to be the last organisms to remain after the extinction of multicellular organisms. Bacteria have established a close relationship with humans, who host microbiomes, where these interactions can take several forms. Some are mutualistic, protecting the body from harmful species, producing beneficial metabolites, or stimulating the immune system, while others can cause harm. Antibiotics are the most studied and widely used microbial metabolites by humans. As antibiotic resistance has become a global concern, the search for microorganisms capable of producing novel antibiotics with clinical potential has become increasingly important. It has been reported that bacteria can biosynthesize two types of antimicrobial substances: bacteriocins, which are of ribosomal synthesis, and lipopeptides, which are of non-ribosomal synthesis. Members of the genus Bacillus can produce lipopeptides and other antimicrobial substances such as siderophores, lytic enzymes, toxins, and inducers of systemic plant resistance, making this genus of particular interest in the search for these metabolites. This work describes some species of the genus Bacillus that produce antimicrobial metabolites relevant to health and biotechnology.

9 May 2021
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IGItzia Citlali Guevara-González
Itzia Citlali Guevara-González
RCRicardo Carreño-López
Ricardo Carreño-López
LVLuis Ramiro Caso Vargas
Luis Ramiro Caso Vargas
VCVianey Marín Cevada
Vianey Marín Cevada
RESUMEN El género Paraburkholderia comprende más de 100 especies, las cuales pueden ser aisladas de diversos ambientes como plantas, suelos agrícolas, suelos volcánicos e incluso, a partir de cuerpos de agua. Existen pocos estudios en nuestro país que reportan el aislamiento de miembros pertenecientes a este género. En éste trabajo, se estudió la posición taxonómica de siete cepas rizosféricas pertenecientes al grupo de Burkholderia sensu lato, aisladas en el municipio de Chignahuapan del estado de Puebla de árboles maderables como el pino y de plantas silvestres como los helechos y las bromelias, utilizando un enfoque taxonómico polifásico. Con base en las secuencias de los genes ARNr 16S, atpD y recA se confimó que todas las cepas pertenecen al género Paraburkholderia y que GB45, GB51, GB53, GB62, GB152 y GB203 forman un clúster con Paraburkholderia sediminicola y Paraburkholderia aspalathi, con excepción de la cepa GB190, la cual podría representar una nueva especie al separarse de este grupo como lo demuestran los árboles filogenéticos. Con respecto a la caracterización fenotípica, las siete cepas de Paraburkholderia mostraron un crecimiento óptimo a una temperatura de 35 °C y un pH 6 en ausencia de NaCl. La tolerancia a distintas concentraciones de metales pesados (Co, Pb, Mo, Ni, Zn y V) fue diversa, así como en las pruebas de antibióticos. La cepa GB51 fue la única que creció en presencia de zinc hasta 200 ppm y en vanadio hasta 50 ppm, mientras que la cepa GB190 no creció a 39 °C y a un pH 4 pero fue la única cepa que si lo hizo en presencia de gentamicina a una concentración de 1 µg/mL y kanamicina a 2.5 µg/mL, estas características fueron las que la diferenciaron del resto de los aislamientos. ABSTRACT The genus Paraburkholderia comprises more than 100 species, isolated from various environments such as plants, agricultural soils, volcanic soils, and even water bodies. Few studies in our country report the isolation of members belonging to this genus. In this work, we focus on the taxonomic position of seven rhizospheric strains belonging to the Burkholderia sensu lato group, all of them were isolated from timber trees such as pine and wild plants such as fern and bromeliads, in the municipality of Chignahuapan situated in the state of Puebla using an approach polyphasic taxonomic. Based on the sequences analysis of the 16S rRNA, atpD, and recA genes confirmed that all the strains belong to the genus Paraburkholderia, even GB45, GB51, GB53, GB62, GB152, and GB203 form a cluster with Paraburkholderia sediminicola and Paraburkholderia aspalathi, except for the GB190 strain, which might represent a new species of this genus because it is separated from this group, as shown by phylogenetic trees. Regarding the phenotypic characterization, the seven strains showed an optimal growth at at 35 °C and pH 6.0 in the absence of NaCl. The ability to tolerate different heavy metal concentrations (Co, Pb, Mo, Ni, Zn, and V) and antibiotics concentrations (ampicilin, gentamicin, tetracyclin, kanamycin, and chloramphenicol) was diverse. Only the GB51 strain grew in the presence of zinc (≤200 ppm) and vanadium (≤50 ppm). The GB190 strain was not able to grow at 39 °C and pH 4.0 but it was the only strain resistant to gentamicin (1 µg/mL) and kanamycin (2.5 µg/mL), characteristics that also differentiated it from the rest of the isolates.

9 May 2021
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IGItzia Citlali Guevara-González
Itzia Citlali Guevara-González
RCRicardo Carreño-López
Ricardo Carreño-López
LVLuis Ramiro Caso Vargas
Luis Ramiro Caso Vargas
VCVianey Marín Cevada
Vianey Marín Cevada
RESUMEN El género Paraburkholderia comprende más de 100 especies, las cuales pueden ser aisladas de diversos ambientes como plantas, suelos agrícolas, suelos volcánicos e incluso, a partir de cuerpos de agua. Existen pocos estudios en nuestro país que reportan el aislamiento de miembros pertenecientes a este género. En éste trabajo, se estudió la posición taxonómica de siete cepas rizosféricas pertenecientes al grupo de Burkholderia sensu lato, aisladas en el municipio de Chignahuapan del estado de Puebla de árboles maderables como el pino y de plantas silvestres como los helechos y las bromelias, utilizando un enfoque taxonómico polifásico. Con base en las secuencias de los genes ARNr 16S, atpD y recA se confimó que todas las cepas pertenecen al género Paraburkholderia y que GB45, GB51, GB53, GB62, GB152 y GB203 forman un clúster con Paraburkholderia sediminicola y Paraburkholderia aspalathi, con excepción de la cepa GB190, la cual podría representar una nueva especie al separarse de este grupo como lo demuestran los árboles filogenéticos. Con respecto a la caracterización fenotípica, las siete cepas de Paraburkholderia mostraron un crecimiento óptimo a una temperatura de 35 °C y un pH 6 en ausencia de NaCl. La tolerancia a distintas concentraciones de metales pesados (Co, Pb, Mo, Ni, Zn y V) fue diversa, así como en las pruebas de antibióticos. La cepa GB51 fue la única que creció en presencia de zinc hasta 200 ppm y en vanadio hasta 50 ppm, mientras que la cepa GB190 no creció a 39 °C y a un pH 4 pero fue la única cepa que si lo hizo en presencia de gentamicina a una concentración de 1 µg/mL y kanamicina a 2.5 µg/mL, estas características fueron las que la diferenciaron del resto de los aislamientos. ABSTRACT The genus Paraburkholderia comprises more than 100 species, isolated from various environments such as plants, agricultural soils, volcanic soils, and even water bodies. Few studies in our country report the isolation of members belonging to this genus. In this work, we focus on the taxonomic position of seven rhizospheric strains belonging to the Burkholderia sensu lato group, all of them were isolated from timber trees such as pine and wild plants such as fern and bromeliads, in the municipality of Chignahuapan situated in the state of Puebla using an approach polyphasic taxonomic. Based on the sequences analysis of the 16S rRNA, atpD, and recA genes confirmed that all the strains belong to the genus Paraburkholderia, even GB45, GB51, GB53, GB62, GB152, and GB203 form a cluster with Paraburkholderia sediminicola and Paraburkholderia aspalathi, except for the GB190 strain, which might represent a new species of this genus because it is separated from this group, as shown by phylogenetic trees. Regarding the phenotypic characterization, the seven strains showed an optimal growth at at 35 °C and pH 6.0 in the absence of NaCl. The ability to tolerate different heavy metal concentrations (Co, Pb, Mo, Ni, Zn, and V) and antibiotics concentrations (ampicilin, gentamicin, tetracyclin, kanamycin, and chloramphenicol) was diverse. Only the GB51 strain grew in the presence of zinc (≤200 ppm) and vanadium (≤50 ppm). The GB190 strain was not able to grow at 39 °C and pH 4.0 but it was the only strain resistant to gentamicin (1 µg/mL) and kanamycin (2.5 µg/mL), characteristics that also differentiated it from the rest of the isolates.