The HiFi sequencing technology yields highly accurate long-read data with accuracies greater than 99.9% that can be used to improve results for complex applications such as genome assembly. Our study presents a high-quality chromosome-scale genome assembly of striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus), a commercially important species cultured mainly in Vietnam, integrating HiFi reads and Hi-C data. A 788.4 Mb genome containing 381 scaffolds with an N50 length of 21.8 Mb has been obtained from HiFi reads. These scaffolds have been further ordered and clustered into 30 chromosome groups, ranging from 1.4 to 57.6 Mb, based on Hi-C data. The present updated assembly has a contig N50 of 14.7 Mb, representing a 245-fold and 4.2-fold improvement over the previous Illumina and Illumina-Nanopore-Hi-C based version, respectively. In addition, the proportion of repeat elements and BUSCO genes identified in our genome is remarkably higher than in the two previously released striped catfish genomes. These results highlight the power of using HiFi reads to assemble the highly repetitive regions and to improve the quality of genome assembly. The updated, high-quality genome assembled in this work will provide a valuable genomic resource for future population genetics, conservation biology and selective breeding studies of striped catfish.
1 January 2004 in Korean Journal of Biological Sciences
A study was conducted to determine growth and survival rates of snakehead (Channa striata) larvae. Live foods such as Artemia salina naupiii, Moina micrura and bloodworm and artificial diet were given to larvae from 1–15 days after hatching as the 1st phase and from 15–30 days as the 2nd phase. In the 1st phase, the growth and survival rates of larvae fed with Artemia nauplii were significantly different from larvae fed with Moina (p<0.05) with values of 28.5 mg, 49% and 26.7 mg, 31%, respectively. Meanwhile, all larvae fed with bloodworm (Chironomus sp.) or artificial diet (49% protein) died within 10 days of experiment. For the 2nd phase, growth of the fry fed with Artemia or Moina differed significantly from that fed with bloodworm or pellet (200.1, 187.7, 109.6 and 8.2 mg, respectively). Specific growth rate (SGR) of larvae fed with Moina was higher than that of larvae fed with Artemia (17.9 and 17.4% day‐1 respectively) in the 1st phase. In the 2nd phase, SGRs of larvae fed with Artemia (12.7% day‐1) or Moina (11.5% day‐1) were significantly higher than those of larvae fed with bloodworm (8.3% day‐1) or dry diet (6.1% day‐1). Generally, Artemia and Moina were suitable food for snakehead larvae during the first month of their life, and artificial diet was much less acceptable and resulted in poor growth and survival.
Sự phát triển ống tiêu hóa cá sát sọc (Pangasius macronema) từ khi mới nở đến 30 ngày tuổi (DAH) được mô tả. Quy trình dinh dưỡng gồm: luân trùng (3–5 DAH), Moina sp. (4–21 DAH) và thức ăn chế biến (thay thế hoàn toàn sau 21 DAH). Kết quả phân tích hình thái và mô học cho thấy: Giai đoạn 1–3 DAH, ống tiêu hóa dạng thẳng, noãn hoàng tiêu biến hoàn toàn vào ngày 5 sau khi nở, cá bắt đầu dinh dưỡng ngoại sinh. Hệ tiêu hóa hoàn thiện chức năng vào ngày 9 với sự xuất hiện của tuyến dạ dày và nếp gấp ruột. Sau ngày 12, chiều dài ruột và số lượng nếp gấp tăng mạnh. Từ ngày 18, cấu trúc mô học ổn định, ruột cuộn khúc phức tạp tương tự cá trưởng thành. Sự hoàn thiện chức năng và tăng trưởng nhanh từ ngày 12 là cơ sở khoa học để xác định thời điểm thích hợp để chuyển đổi sang thức ăn chế biến.
Nghiên cứu được thực hiện nhằm cung cấp những thông tin về các đặc điểm sinh học sinh sản của cá sát sọc. Mẫu cá được thu (30 mẫu/điểm/lần) định kỳ 1 lần/tháng tại 3 vị trí dọc theo tuyến sông Hậu (n=1.170) trên địa bàn thành phố Cần Thơ. Thời gian thu mẫu là 13 tháng (từ tháng 02/2020 đến tháng 02/2021). Mẫu cá sau khi thu sẽ được vận chuyển về phòng thí nghiệm Trường Thủy sản, Trường Đại học Cần Thơ để phân tích các chỉ tiêu sinh học sinh sản gồm: giai đoạn phát triển tuyến sinh dục, hệ số thành thục, sức sinh sản, đường kính trứng. Kết quả cho thấy, cá sát sọc có tuyến sinh dục ở giai đoạn III và IV chiếm tỷ lệ cao chủ yếu từ tháng 3 đến tháng 8, với hệ số thành thục dao động 5,08 – 7,16%. Độ béo Clark dao động 0,60 – 1,12%. Sức sinh sản của cá sát sọc tương đối cao, sức sinh sản tuyệt đối trung bình là 6.007±4.484 trứng/cá thể và sức sinh sản tương đối trung bình là 161±71 trứng/g cá cái. Đường kính trứng cá bằng trung bình là 0,79±0,06 mm. Kết quả trên cho thấy mùa vụ sinh sản của cá từ tháng 3 đến tháng 8.
Phát triển dòng cá tra chịu mặn để thích ứng với biến đổi khí hậu có ý nghĩa quan trọng đối với nghề nuôi cá tra ở Đồng bằng sông Cửu Long. Trong 5 năm qua, chúng tôi đã thành công trong chọn lọc được dòng cá tra chịu mặn đến 10‰. Cá thành thục tốt ở 5‰ với các chỉ tiêu sinh sản tương tương với cá nuôi trong nước ngọt. Tỷ lệ sống của nhóm cá chọn lọc và không chọn lọc tương đồng nhau ở độ mặn từ 0‰ tới 15‰ và cao hơn nhóm cá nước ngọt mặc dù khác biệt không có ý nghĩa (p>0,05). Sau một thế hệ chọn lọc trong nước lợ, hệ số di truyền về khối lượng là 0,29, tăng trưởng khối lượng tăng 18,0% và tỷ lệ sống tăng 11,4%. Nghiên cứu về sinh lý học cho thấy cá tra có khả năng sinh trưởng ở 15‰ và độ mặn 20‰ được xem là giới hạn chịu đựng của cá tra. Đường ruột của cá phản ứng mạnh nhất với sự thay đổi áp suất thẩm thấu của môi trường so với các cơ quan khác. Phương pháp “hormesis” ...