The HiFi sequencing technology yields highly accurate long-read data with accuracies greater than 99.9% that can be used to improve results for complex applications such as genome assembly. Our study presents a high-quality chromosome-scale genome assembly of striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus), a commercially important species cultured mainly in Vietnam, integrating HiFi reads and Hi-C data. A 788.4 Mb genome containing 381 scaffolds with an N50 length of 21.8 Mb has been obtained from HiFi reads. These scaffolds have been further ordered and clustered into 30 chromosome groups, ranging from 1.4 to 57.6 Mb, based on Hi-C data. The present updated assembly has a contig N50 of 14.7 Mb, representing a 245-fold and 4.2-fold improvement over the previous Illumina and Illumina-Nanopore-Hi-C based version, respectively. In addition, the proportion of repeat elements and BUSCO genes identified in our genome is remarkably higher than in the two previously released striped catfish genomes. These results highlight the power of using HiFi reads to assemble the highly repetitive regions and to improve the quality of genome assembly. The updated, high-quality genome assembled in this work will provide a valuable genomic resource for future population genetics, conservation biology and selective breeding studies of striped catfish.

This study aims to determine climate change-related risk (CCR) impacts, responses of farmers, and assistant activities in tilapia cage culture (TC), striped catfish nursery (SCN), striped catfish grow-out (SCG), improved extensive shrimp (IES) and intensive shrimp (IS) systems. A survey of 601 farmers in the Mekong Delta, Vietnam, was conducted using clustered sampling. Intense rainfall events and rapid changes in temperature affected all five surveyed farm systems. Extreme high temperatures impacted the TC, IES and IS systems, while extreme low temperatures impacted the striped catfish groups (SCN and SCG). Striped catfish farming systems were more sensitive to low temperatures in comparison to shrimp and tilapia. For risk management purposes, increasing pond dike height was applied in the SCN and SCG farming systems. While increased pond depth was observed in the SCN, SCG and IS systems, the IS and SCN systems had higher counts of additional pond construction. Water quality was monitored and feed supplements/medicines were used by farmers in all five farm systems; however, these activities were higher for the SCN, SCG and IS systems than for the TC and IES groups. Reduced stocking density was observed in TC, SCN, SCG and IS, but not in IES. In addition, the use of aerators or mixers was the most-employed solution in the IS system. Amongst information sources of climate-related risks, television was found to be the most important, followed by neighbouring farmers and the Department of Fisheries (DOF)...

Nghiên cứu được thực hiện nhằm đánh giá ảnh hưởng của việc tiếp xúc độ mặn ở giai đoạn phát triển phôi lên khả năng chịu mặn của cá tra (Pangasianodon hypophthalmus) ở giai đoạn cá hương. Thí nghiệm được thiết kế với 2 nhân tố (độ mặn ấp và ương), gồm 12 nghiệm thức và 4 lần lặp lại. Trứng cá tra sau khi thụ tinh được ấp ở các độ mặn 0‰, 1‰, và 2‰, sau khi nở cá bột được ương ở các độ mặn 0‰, 4‰, 8‰ và 12‰. Sau 35 ngày ương, kết quả cho thấy độ mặn ấp và ương không ảnh hưởng đến tăng trưởng, nhưng ảnh hưởng đến tỷ lệ sống, khả năng điều hòa áp suất thẩm thấu (ASTT), và hoạt tính của của các enzyme tiêu hóa (pepsin, trypsin, chymotrypsin và amylase). Độ mặn làm giảm tỷ lệ sống của cá ương, nhưng nhóm cá được ấp ở độ mặn cao 2‰ có xu hướng chịu mặn tốt hơn khi ương ở mức độ mặn 12‰ (p<0,05). ASTT của cá ương tăng khi độ mặn tăng, và nhóm cá được ấp ở độ mặn 2‰ có mức tăng ASTT lớn nhất khi ương ở độ mặn 12‰ (p<0,05). Hoạt tính enzyme tiêu hóa của cá ương có xu hướng tăng khi độ mặn ương tăng. Kết quả nghiên cứu cho thấy sự tiếp xúc sớm với độ mặn sẽ làm tăng khả năng chịu mặn của cá ở giai đoạn cá hương. Từ khóa: Cá tra, áp suất thẩm thấu, khả năng chịu mặn, tỷ lệ sống, enzyme tiêu hóa.

Phát triển dòng cá tra chịu mặn để thích ứng với biến đổi khí hậu có ý nghĩa quan trọng đối với nghề nuôi cá tra ở Đồng bằng sông Cửu Long. Trong 5 năm qua, chúng tôi đã thành công trong chọn lọc được dòng cá tra chịu mặn đến 10‰. Cá thành thục tốt ở 5‰ với các chỉ tiêu sinh sản tương tương với cá nuôi trong nước ngọt. Tỷ lệ sống của nhóm cá chọn lọc và không chọn lọc tương đồng nhau ở độ mặn từ 0‰ tới 15‰ và cao hơn nhóm cá nước ngọt mặc dù khác biệt không có ý nghĩa (p>0,05). Sau một thế hệ chọn lọc trong nước lợ, hệ số di truyền về khối lượng là 0,29, tăng trưởng khối lượng tăng 18,0% và tỷ lệ sống tăng 11,4%. Nghiên cứu về sinh lý học cho thấy cá tra có khả năng sinh trưởng ở 15‰ và độ mặn 20‰ được xem là giới hạn chịu đựng của cá tra. Đường ruột của cá phản ứng mạnh nhất với sự thay đổi áp suất thẩm thấu của môi trường so với các cơ quan khác. Phương pháp “hormesis” ...