Actualmente, existe una fuerte tendencia hacia el desarrollo de biocombustibles a partir de microalgas. Este estudio identificó y evaluó el potencial biotecnológico de Desmodesmus armatus (Chodat) E.H. Hegewald, aislado de la Amazonía ecuatoriana, para la biorremediación y la producción de biocombustibles. La identificación molecular y morfológica de la cepa L60cmC1B-17519, obtenida de la Laguna Limoncocha en la provincia de Sucumbíos, Ecuador, se llevó a cabo utilizando comparaciones bibliográficas, ITS2-PCR y análisis filogenético de máxima verosimilitud. Este enfoque indica que la cepa aislada pertenece a la especie D. armatus. Se realizó un cultivo de diez días en fotobiorreactores de lote de 1L con medio BG-11, obteniéndose 2,36 g/L de biomasa con una productividad de 0,24 g/L∙d. La remoción de nutrientes, medida en términos de nitratos, fosfatos y demanda química de oxígeno, fue monitoreada diariamente, con eficiencias de remoción del 55,35%, 68,31% y 81,13%, respectivamente. El contenido de lípidos se evaluó a partir de biomasa húmeda y seca, utilizando cloroformo y acetato de etilo como solventes orgánicos. Los mejores resultados se obtuvieron con la mezcla de cloroformo (1:2), alcanzando porcentajes de lípidos del 21,50% de la biomasa seca. Además, se analizaron los ácidos grasos libres, con el mayor rendimiento del 52,80%, utilizando extracción con cloroformo. Estos hallazgos sugieren que esta microalga tiene potencial para aplicaciones biotecnológicas y destacan la necesidad de investigaciones futuras.