Muña reservoir is located in 4°32’27“N, 74°14’59” W adjacent to the municipality of Sibaté, Cundinamarca, its waters come from Bogotá river containing decaying organic matter, agricultural wastes and pesticides which have high pollution generated favored eutrophication processes, proliferation of insects and microalgae. Thus, as phytoremediation as part of bioremediation emerges as a solution to clean mixed water, reducing the risk of contamination of rivers and streams. Therefore, identification of microalgal biodiversity reservoir in order to estimate potential microalgae for bioremediation processes was performed. This was carried out by optical microscopy, using taxonomic keys and where the culture media, Zarrouk, Basal Bold and f/2 Guillard allowed reproduction microalgal biodiversity contained in the samples. Similarly, physicochemical parameters such as pH, dissolved oxygen, turbidity and conductivity were in-situ measured. Oscillatoria and Nostoc cyanobacteria, green algae as Scenedesmus, Eudorina, Closterium and Tabellaria diatoms, genres that have qualities phytoremediation were identified; otherwise, it was found that at temperatures above 20°C, the growth of cyanobacteria and the presence of oxygen and carbon limit in the development of these micro-algae in the reservoir is encouraged. El embalse del Muña está ubicado en 4°32’27”N, 74°14’59”W aledaño al municipio de Sibaté, Cundinamarca, sus aguas provienen del rio Bogotá que contienen materia orgánica en descomposición, desechos agrícolas y plaguicidas los cuales han generado una elevada contaminación que ha favorecido procesos de eutrofización, proliferación de insectos y microalgas. Es así, como la fitorremediación como parte de la biorremediacion surge como una solución para limpiar aguas mezcladas, reduciendo el riesgo de contaminación de los ríos y quebradas. Por ende, se realizó una identificación de la biodiversidad microalgal del embalse con el propósito de estimar microalgas potenciales para procesos de biorremedación. Esto, se llevó a cabo por medio de microscopia óptica, y empleando claves taxonómicas donde los medios de cultivo, Zarrouk, Basal Bold y f/2 de Guillard permitieron la reproducción de la biodiversidad microalgal contenidas en las muestras. Igualmente, se midieron parámetros fisicoquímicos in-situ como pH, oxígeno disuelto, turbidez y conductividad. Se identificaron cianobacterias como Oscillatoria y Nostoc, algas verdes como Scenedesmus, Eudorina, Closterium y diatomeas del género, Tabellaria, géneros que presentan cualidades fitorremediadoras; por otro lado, se concluyó que a temperaturas mayores de 20°C, se fomenta el crecimiento de cianobacterias y la presencia de oxígeno y carbono limitan en el desarrollo de estas microalgas en el embalse.