O objetivo do estudo foi identificar os fatores associados ao absenteísmo de usuários da Média Complexidade no Sistema Único de Saúde (SUS) do Espírito Santo, Brasil. Um estudo transversal foi realizado por meio de contatos telefônicos em num universo de 1.002.719 agendamentos para consultas e exames especializados, residentes na Região de Saúde Metropolitana do Espírito Santo (RSM-ES), Brasil, de janeiro de 2014 a dezembro de 2016. Uma amostra de 1.206 usuários do SUS (819 não faltosos e 387 faltosos) foram selecionados a fim de responderem a uma entrevista estruturada. O absenteísmo dos usuários foi analisado por meio de variáveis contextuais, individuais, comportamentais e pautadas nos resultados de saúde avaliada e percebida em Modelos de Regressão Logística. No modelo final o absenteísmo aparece associado a não ter agendamentos realizados pela Unidade Básica de Saúde (ORaj=1,91; IC95%=1,12-3,27), às diferenças dos indivíduos nos grupos de convívio (ORaj= 0,39; IC95%= 0,25-0,63), às necessidades em saúde (ORaj=4,95; IC95%= 2,88-8,49), à atenção profissional dispensada ao usuário durante consultas/exames (OR = 2,24; IC95%=1,17-4,28) e ao Índice de Massa Corporal (OR= 0,41, IC95%= 0,19-0,91). Verificou-se que o absenteísmo de usuários no SUS é um fenômeno complexo, sendo influenciado por características contextuais, individuais, comportamentais, saúde avaliada e percebida, que devem ser consideradas no planejamento e gestão em saúde, a fim de aprimorar efetividade da média complexidade e evitar o desperdício de recursos.