Экспрессия маркером эпителиально-мезенхимального перехода (ЕМТ) в аденокарцином немелкоклеточного рака легкого человека является приоритетной областью исследований, т.к. на данный момент уже установлена корреляция между уровнем экспрессии виментина, Е-кадгерина и иных маркеров с тяжестью текущего заболевания. Приведенные выше данные позволяют рассматривать аденокарциному как приоритетный объект исследования, особенно в контексте ее моделирования на 3D-культурах клеток. Также современные исследования показали, что микроРНК (миРНК) являются важными регуляторами экспрессии генов и участвуют в различных биологических процессах, включая развитие и прогрессирование рака. В этом исследовании мы сравнили уровни экспрессии миРНК и маркеров эпителиально-мезенхимального перехода (ЕМТ) E-кадгерина, виментина и SNAIL, в 2D и 3D клеточной культурах линии немелкоклеточного рака легкого H1299 до и после трансфекции. В качестве целевой микроРНК для трансфекции была выбрана микроРНК-4443, поскольку данная молекула выступает в качестве супрессора опухоли, предотвращая рост, инвазию и миграцию опухолей при папиллярном раке щитовидной железы, глиобластоме и колоректальном раке. Объединив 3D-культуры клеток и исследование функций микроРНК в одном эксперименте, мы разработали систему 3D-клеточных моделей для адаптации и проверки эффектов различных миРНК. Наши результаты показывают, что 3D-модель клеточной культуры обеспечивает более точное и приближённое микроокружение к условиям in vivo по сравнению с 2D-моделью, поскольку она демонстрирует повышение уровня E-кадгерина и снижение уровня виментина после трансфекции, что коррелирует с клиническими данными, когда на 2D-клеточных моделях были получены неоднозначные результаты. Это даёт повод сделать предположение о потенциальной роли миРНК-22, миРНК-4443 и миРНК-126 в регуляции ЕМТ в клеточной линии H1299. Эти результаты позволяют предположить, что 3D-культуры являются более подходящей и репрезентативной моделью для изучения изменений транскриптомного профиля как вследствие, так и независимо от проверки эффектов микроРНК.